政府取消工程协议导致不能开工的情况下，质保金是否会退还，需根据具体情况和合同约定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
合同中有明确约定：
- 如果工程协议中明确规定了因政府原因取消项目时质保金的处理方式，如“因政府政策调整或不可抗力导致项目取消，发包方应在项目取消后XX日内退还承包方已支付的质保金”，则应按照合同约定执行。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。因此，合同中的明确约定是处理此类纠纷的首要依据。
合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定因政府原因取消项目时质保金的处理方式，则需要根据法律规定和公平原则进行判断。
二、法律规定与公平原则
质保金的性质：
- 质保金是承包方为保证工程质量而向发包方支付的一定金额，通常在工程竣工验收合格后的一定期限内退还。
- 如果项目因政府原因取消，且尚未开工，那么质保金的目的（即保证工程质量）已无法实现。
公平原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第六条，民事主体从事民事活动，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。
- 在项目因政府原因取消且尚未开工的情况下，要求承包方继续承担质保金的责任可能显失公平。因此，从公平原则出发，发包方应退还承包方已支付的质保金。
三、实际操作建议
协商解决：
- 双方可以首先尝试通过协商解决质保金的退还问题。协商时，可以参考合同约定、法律规定以及公平原则，寻求一个双方都能接受的解决方案。
法律途径：
- 如果协商无果，承包方可以通过法律途径维护自己的权益。可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求发包方退还质保金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在项目因政府原因取消且尚未开工的情况下，发包方继续扣留质保金可能构成违约。
四、特殊情况考虑
- 如果合同中约定了质保金的退还需满足特定条件（如项目取消后需完成某些清算或结算工作），则需在满足这些条件后再行退还。
- 如果政府取消项目的原因涉及承包方的过错或违约（如承包方未按时提交相关文件或资料导致项目无法继续），则发包方可能有权根据合同约定扣除部分或全部质保金。
总结来说，政府取消工程协议导致不能开工时，质保金是否会退还需根据合同约定、法律规定以及公平原则进行综合判断。在大多数情况下，从公平原则出发，发包方应退还承包方已支付的质保金。但具体处理方式还需根据合同内容和实际情况来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。