企业员工享受过福利分房，一般情况下不会直接影响农村动迁补偿，但需分情况讨论，具体如下：

1. 福利分房与农村动迁补偿的关联性基础
   福利分房是企业为员工提供的住房福利，属于城镇住房政策范畴；而农村动迁补偿是基于集体土地征收或宅基地使用权收回，针对农村集体经济组织成员的补偿。二者分属不同法律体系（城镇住房政策与农村土地管理法规），原则上无直接关联。若员工仅享受过福利分房，但户籍仍在农村且拥有宅基地使用权，其动迁补偿资格通常不受影响。

2. 可能影响补偿的特殊情形

   • 户籍迁移导致成员资格丧失：若员工因福利分房将户籍迁出农村，转为城镇户口，且未保留农村集体经济组织成员身份（如未继续承包土地、未履行村民义务），则可能丧失宅基地使用权及动迁补偿资格。
     
   • “一户一宅”原则限制：根据《土地管理法》，农村村民一户只能拥有一处宅基地。若员工在农村已有宅基地，又通过福利分房获得城镇住房，虽不直接冲突，但若动迁时被认定为“一户多宅”或不符合宅基地分配条件，可能影响补偿标准（如减少安置面积或补偿款）。
     
   • 地方政策差异：部分地区可能出台细则，将“是否享受过福利分房”作为动迁补偿的参考因素（如限制重复享受住房保障政策），但需以当地具体政策为准。

3. 实务建议

   • 核查户籍与成员资格：确认户籍是否仍在农村，是否保留集体经济组织成员身份（可通过村委会或乡镇政府查询）。
     
   • 保留宅基地权属证明：如宅基地使用权证、建房审批文件等，以证明合法使用权。
     
   • 关注地方政策：动迁前主动了解当地补偿方案，若存在争议及时提出异议或申请听证。

总结：福利分房本身不必然导致农村动迁补偿减少或丧失，但需结合户籍、宅基地使用权及地方政策综合判断。如有具体案例或地方政策疑问，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。