儿子将股权转给父亲，在符合特定条件下可以免缴个人所得税，但双方均需缴纳印花税。具体税务处理需依据当地税务机关的规定和实际情况来确定，以下从不同税种进行详细分析：
一、个人所得税
免税情形：
- 根据《国家税务总局关于发布〈股权转让所得个人所得税管理办法（试行）〉的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）第十三条规定，个人将股权转让给直系亲属，如父母、子女等，且股权转让收入明显偏低时，可视为有正当理由，转让方无需缴纳个人所得税。这同样适用于儿子将股权转让给父亲的情形，即使转让价格较低，也不会被视为避税行为。
- 如果直系亲属之间是无偿让渡股权，即没有收取任何对价或报酬，根据相关规定，这种情形下的股权转让也是不征收个人所得税的。但需要提供相关的证明材料，如股权转让协议、直系亲属关系证明等，并办理相应的税务手续。
征税情形：
- 在不满足上述免税条件的情况下，个人股权转让通常需按照“财产转让所得”项目计算并缴纳个人所得税，税率为20%。然而，对于直系亲属间的有偿转让，如果转让价格合理且符合税法规定的特定条件，也可能享受免税或减税的优惠。这些条件可能因地区和时间的不同而有所变化，因此在实际操作中需咨询当地税务机关。
二、印花税
- 根据《中华人民共和国印花税法》，股权转让书据属于印花税的应税凭证，应按“产权转移书据”缴纳印花税，税率为价款的万分之五。
- 纳税人：股权转让方和受让方（即儿子和父亲双方）均为印花税的纳税人，需要共同承担这一税费。无论股权转让是否在直系亲属间进行，双方都需要按照股权转让合同所载金额的万分之五缴纳印花税。但需注意，部分地区可能存在税收优惠政策，具体减免幅度需依据当地税务局的规定执行。
三、实际操作建议
- 明确转让方式与价格：在进行股权转让前，应明确转让是采取有偿还是无偿方式，以及具体的转让价格。这将直接影响税务负担和税务处理的合规性。
- 准备必要证明材料：若希望享受免税政策，需准备能够证明直系亲属关系及转让合理性的相关材料，如户口簿、身份证、股权转让协议等。这些材料将有助于税务机关审核并确定税额。
- 咨询当地税务机关：鉴于税务法规的复杂性和变动性，建议在股权转让前咨询当地税务机关或向我咨询，以确保税务处理合规，避免后续的法律风险和税务纠纷。
综上所述，儿子将股权转让给父亲在符合特定条件下可以免缴个人所得税，但双方均需缴纳印花税。具体的税务处理需根据当地税务机关的规定和实际情况来确定，因此在进行股权转让前应充分了解相关税务政策并咨询专业人士的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。