补充协议中针对主合同某条款进行补充约定，原则上不能直接变更主合同中另一不相干的条款。以下从不同角度进行分析：

1. 合同变更的基本原则：

   • 合同的变更通常需要双方当事人的协商一致，并且这种变更应当是明确、具体的。补充协议作为对主合同的补充，其效力范围一般限于对主合同中特定条款的补充或修改，而不应随意扩大到主合同的其他条款，尤其是那些与补充约定内容不相干的条款。

2. 补充协议的效力范围：

   • 补充协议的目的是为了对主合同中的某些不明确或需要进一步细化的条款进行补充或说明。因此，其效力通常仅限于这些被补充或说明的条款。如果补充协议试图变更主合同中另一不相干的条款，这可能超出了补充协议的初衷和效力范围，除非双方当事人在补充协议中明确表达了这样的意愿。

3. 法律后果与风险：

   • 如果补充协议中的补充约定被错误地解释为变更了主合同中另一不相干的条款，这可能导致合同双方对合同内容的理解产生分歧，进而引发纠纷。在法律上，这种未经双方明确同意的变更可能被视为无效，因为合同变更需要双方当事人的协商一致，并且应当符合法律法规的规定。

4. 实际操作建议：

   • 在签订补充协议时，双方应当明确补充协议的目的和效力范围，避免对主合同中不相干的条款进行不必要的变更。如果确实需要对主合同中的其他条款进行变更，应当在补充协议中明确说明，并确保这种变更符合双方当事人的真实意愿和法律法规的规定。

举例说明： 假设主合同中规定了双方的权利义务、违约责任等多个条款。现在，双方签订了一份补充协议，仅对主合同中的权利义务条款进行了补充约定。在这种情况下，补充协议不能直接变更主合同中的违约责任条款，因为这两者是不相干的条款。如果双方确实需要对违约责任条款进行变更，应当在补充协议中明确说明，并经过双方协商一致后签订。

综上所述，补充协议中的补充约定原则上不能直接变更主合同中另一不相干的条款。如有需要，双方应当通过协商一致的方式在补充协议中明确说明，并确保这种变更符合法律法规的规定。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。