如果法院起诉时有一方不愿意，这并不会影响诉讼程序的正常进行，法院仍会依法对案件进行审理并作出判决。以下从不同角度为你详细分析：

一、诉讼程序的独立性

诉讼程序一旦启动，就具有其独立的运行轨迹，不受当事人单方面意愿的左右。法院在受理案件后，会按照法定的程序和期限，对案件进行审理。这包括送达诉讼文书、组织双方进行证据交换、开庭审理、作出判决等环节。即使有一方不愿意参与诉讼，法院也会依法进行缺席审理，并根据已查明的事实和证据作出判决。

二、缺席审理与判决

1. 缺席审理：如果一方当事人无正当理由拒不到庭，或者未经法庭许可中途退庭的，法院可以缺席审理。缺席审理并不意味着法院会偏袒另一方，而是会依法对案件进行全面、客观的审查，并根据已查明的事实和证据作出判决。
2. 判决效力：缺席判决与对席判决具有同等的法律效力。如果缺席的一方对判决结果不服，可以在法定的期限内提起上诉，由上级法院进行二审审理。

三、对不愿意参与诉讼一方的建议

1. 积极应诉：如果收到法院的诉讼文书，即使不愿意参与诉讼，也应该积极应诉，了解案件情况，准备相关证据和材料，以便在法庭上维护自己的合法权益。
2. 寻求法律帮助：如果对诉讼程序或法律问题不了解，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助当事人更好地应对诉讼。
3. 尊重法院判决：无论判决结果如何，都应该尊重法院的判决。如果对判决结果不服，可以在法定的期限内提起上诉或申请再审，但不应该采取拒不履行判决等违法行为。

四、可能面临的法律后果

如果一方不愿意参与诉讼，且拒不履行法院的判决或裁定，可能会面临一系列的法律后果。这包括但不限于被法院强制执行、被列入失信被执行人名单、限制高消费等。这些后果不仅会对当事人的个人信用和声誉造成损害，还可能影响其正常的生活和工作。

总结来说，即使有一方不愿意参与诉讼，法院仍会依法对案件进行审理并作出判决。因此，建议当事人积极应诉，寻求法律帮助，并尊重法院的判决结果。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。