当作为股东的公司没有按照约定出资时，这确实是一个需要细致处理的问题。以下是从法律、公司治理以及实际操作三个层面，为您提供的详细解答：
一、法律层面
补足出资：
- 根据《中华人民共和国公司法》的明确规定，股东有义务按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。若股东（此处指作为股东的公司）未履行或未全面履行这一义务，公司或其他股东有权要求其补足出资。
- 补足出资的方式多样，可以是现金补缴，也可以是实物资产（如设备、房产等）的投入，但需经过专业评估作价。此外，知识产权等非货币财产也可以作为出资方式，同样需要经过评估。
承担违约责任：
- 若股东未按期足额出资，这构成违约行为，应向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。
- 违约责任的具体形式，如支付违约金、赔偿损失等，可以在公司章程中事先约定，以便在出现违约情况时有所依据。
限制股东权利：
- 公司有权根据章程规定或股东会决议，对未履行出资义务的股东限制其部分股东权利，如利润分配请求权、新股优先认购权、剩余财产分配请求权等。
- 在极端情况下，若股东长期不履行出资义务，且经催告后仍未改正，公司甚至可以通过法定程序解除该股东的股东资格。
提起诉讼：
- 若股东拒不履行出资义务，公司或其他股东可以向人民法院提起诉讼，要求该股东履行出资义务并承担相应的法律责任。
- 法院将依法审理案件，并根据事实和法律规定作出公正判决。
二、公司治理层面
加强内部监督：
- 公司应建立健全的内部监督机制，定期对股东的出资情况进行检查和核实，确保所有股东都按约定履行出资义务。
- 一旦发现股东未履行出资义务，应及时采取措施进行催告和纠正，防止问题扩大。
完善公司章程：
- 公司章程是规范股东行为的重要文件，应在其中明确股东的出资义务、违约责任以及相应的处理机制。
- 通过完善公司章程，可以为解决股东未出资问题提供明确的法律依据和操作指南，减少纠纷的发生。
召开股东会会议：
- 针对股东未出资问题，公司可以召开股东会会议进行讨论和决策。
- 在会议上，可以提出多种解决方案，如要求股东补足出资、调整股权结构等，并通过表决形成有效的股东会决议。
三、实际操作建议
及时沟通协商：
- 发现股东未出资后，首先应尝试与该股东进行沟通协商，了解其未出资的具体原因和困难。
- 通过协商，可以寻求双方都能接受的解决方案，如分期出资、提供担保等，避免矛盾激化。
保留证据材料：
- 在处理股东未出资问题的过程中，应注意保留相关证据材料，如出资协议、银行转账记录、催告函件等。
- 这些证据材料在后续的法律程序中可能起到关键作用，有助于证明公司的主张和权益。
寻求专业帮助：
- 若股东未出资问题较为复杂或难以解决，公司可以寻求专业律师或会计师的帮助。
- 他们可以提供专业的法律意见和财务建议，协助公司妥善处理相关问题，确保公司的合法权益得到保障。
综上所述，当作为股东的公司没有按照约定出资时，公司应通过法律、公司治理以及实际操作三个层面来综合应对，确保公司的正常运营和股东的合法权益。