针对您提出的问题，结论前置如下：

1. 若妻子未经您同意擅自修改公司股权，可能涉及侵犯您的财产权益，但半年后签订的婚内财产协议若合法有效，则股权归属以协议约定为准。
2. 若婚内财产协议存在欺诈、胁迫等情形，您有权请求法院撤销或认定无效，股权归属则需根据实际情况重新判定。

详细分析如下：

一、妻子擅自修改公司股权的法律性质

妻子未经您同意擅自修改公司股权，这一行为可能涉及侵犯您的财产权益。公司股权作为您的个人财产（或夫妻共同财产中的您的份额），其处分应遵循您的意愿或夫妻双方的共同约定。若妻子未经您同意擅自修改，可能构成无权处分，您有权要求恢复原状或赔偿损失。然而，这一行为本身并不直接决定股权的最终归属，因为后续签订的婚内财产协议可能对此产生重大影响。

二、婚内财产协议的法律效力

根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十五条，男女双方可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或者部分各自所有、部分共同所有。约定应当采用书面形式。夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的约定，对双方具有法律约束力。

在您的情况下，半年后签订的婚内财产协议明确约定了股权归妻子所有。若该协议系双方真实意思表示，且不存在欺诈、胁迫等情形，则该协议合法有效，股权归属应以此为准。这意味着，尽管妻子之前擅自修改了股权，但协议的签订可能视为双方对股权归属的重新确认和约定。

三、可能存在的例外情形

1. 欺诈、胁迫等情形：若婚内财产协议是在妻子欺诈、胁迫您的情况下签订的，您有权请求法院撤销该协议或认定其无效。在此情况下，股权归属需根据实际情况重新判定，可能恢复至您名下或根据其他证据确定归属。
2. 协议内容违法或违背公序良俗：若婚内财产协议的内容违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，该协议同样可能被认定无效。在此情况下，股权归属也需根据实际情况重新判定。

四、法律建议

1. 审查婚内财产协议：仔细审查婚内财产协议的内容，确认是否存在欺诈、胁迫等情形或违法、违背公序良俗的内容。若存在上述情形，及时收集证据并考虑通过法律途径维护自己的权益。
2. 咨询专业律师：由于股权归属问题涉及复杂的法律关系和证据收集，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。律师可以根据您的具体情况和证据材料，为您制定合适的维权策略。

最后，婚姻家庭中的财产问题往往涉及复杂的情感和法律关系，处理时需谨慎对待。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。