双方合作是可以互为甲方的。在商业合作中，互为甲方的情况并不罕见，这主要取决于合作双方的具体约定和合作模式。以下从不同角度对此进行详细分析：

一、法律角度

从法律层面来看，合同是双方意思表示一致的产物，只要双方自愿、平等、公平地达成协议，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该合同就是有效的。在合作中，双方可以约定互为甲方和乙方，即一方在某一合作事项中作为甲方，享有甲方的权利并承担甲方的义务；在另一合作事项中则作为乙方，享有乙方的权利并承担乙方的义务。这种约定是合法的，也是受法律保护的。

二、实践角度

在实际商业合作中，互为甲方的情况确实存在。例如，在供应链合作中，一家企业可能既是另一家企业的原材料供应商（此时作为乙方），又是另一家企业的产品分销商（此时作为甲方）。这种合作模式有助于企业拓展业务范围，降低经营风险，提高市场竞争力。

三、注意事项

虽然互为甲方在法律和实践上都是可行的，但在实际操作中仍需注意以下几点：

1. 明确合同条款：双方应明确约定在各自作为甲方和乙方时的权利、义务和责任，以避免因约定不明而产生的纠纷。
2. 保持独立性：尽管双方互为甲方和乙方，但在合作中仍应保持各自的独立性，避免因一方过度依赖另一方而导致的合作失衡。
3. 遵守法律法规：双方在合作过程中应严格遵守相关法律法规，不得利用互为甲方的关系进行违法违规活动。

四、可能的风险及应对

1. 风险：如果双方在互为甲方的合作中未能明确约定各自的权利和义务，或者约定存在模糊之处，那么在合作过程中可能会出现纠纷和争议。
2. 应对：为了避免这种风险，双方应在合作前进行充分的沟通和协商，明确约定各自的权利和义务，并在合同中详细列明。同时，双方还可以考虑在合同中约定争议解决方式，如仲裁或诉讼等，以便在出现纠纷时能够及时、有效地解决。

综上所述，双方合作是可以互为甲方的。在实际操作中，双方应明确合同条款、保持独立性并遵守法律法规，以确保合作的顺利进行。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。