在交通肇事罪案件中，公安机关查手机主要会查与案件事实直接相关的信息，包括但不限于通话记录、短信内容、社交软件聊天记录、导航记录、行车记录仪关联数据以及手机定位信息等。具体分析如下：
通话记录：公安机关会调取肇事者及可能相关人员的通话记录，以查明事故发生前后的通话情况，判断是否存在酒后驾车、逃逸等违法行为的线索。例如，若通话记录显示肇事者在事故发生前与酒友频繁通话，可能作为酒驾的间接证据。
短信内容：短信中可能包含与事故相关的关键信息，如肇事者承认过错、协商赔偿等内容，这些均可作为认定事故责任和赔偿的依据。
社交软件聊天记录：微信、QQ等社交软件的聊天记录可能记录了肇事者与他人的对话，涉及事故经过、责任划分等敏感信息。公安机关会依法调取这些记录，以全面了解案件事实。
导航记录：若肇事者使用手机导航，公安机关会调取导航记录，以查明事故发生时的行驶路线、速度等信息，有助于还原事故现场，判断肇事者是否存在超速、违规变道等违法行为。
行车记录仪关联数据：部分行车记录仪与手机APP关联，可实时上传行车视频。公安机关会调取这些视频资料，以直观展示事故发生过程，为责任认定提供有力证据。
手机定位信息：通过调取手机定位信息，公安机关可以确定肇事者在事故发生时的具体位置，有助于判断其是否存在逃逸行为或故意隐瞒事故真相的情况。
在调取手机信息时，公安机关必须严格遵守法定程序，确保取证的合法性和有效性。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律法规，公安机关在调取手机信息时，需出示相关法律文书，如搜查证、调取证据通知书等，并依法告知被调取人相关权利义务。若公安机关在调取手机信息过程中存在违法行为，如非法搜查、侵犯隐私等，相关证据可能被依法排除，无法作为定案依据。
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