结论：非法人代表的管理者用自己身份证办理微信小程序备案，可能面临民事、行政及刑事方面的后果，具体取决于备案后的使用情况及是否造成损害。
详细分析：
民事责任风险：
- 若小程序在运营过程中产生民事纠纷，如因内容侵权、合同违约等引发诉讼，作为备案主体的个人（即管理者本人）可能被直接列为被告，需承担相应的民事赔偿责任。
- 例如，小程序发布的内容侵犯了他人的知识产权，权利人可能会直接起诉备案人，要求赔偿损失。
行政责任风险：
- 根据相关法律法规，微信小程序备案需遵循真实、准确、完整的原则。若管理者使用个人身份证进行备案，但小程序实际运营主体与备案信息不符，可能构成虚假备案，面临行政处罚。
- 行政处罚可能包括警告、罚款、责令改正等，具体取决于违规情节的严重程度。
刑事责任风险：
- 在极端情况下，若小程序被用于从事违法犯罪活动，如诈骗、传播淫秽物品等，备案人可能因“帮助信息网络犯罪活动罪”等罪名被追究刑事责任。
- 即使管理者声称对小程序的具体运营内容不知情，但若未能履行基本的审核义务或存在明显疏忽，仍可能构成犯罪共犯或承担相应刑事责任。
建议：
- 明确主体关系：在办理微信小程序备案前，应明确小程序的实际运营主体，并确保备案信息与实际运营主体一致。若管理者仅代表公司或组织进行备案，应使用公司或组织的相关证件进行备案。
- 加强审核义务：作为备案人，应加强对小程序内容的审核和管理，确保小程序不发布违法违规信息，不从事违法犯罪活动。
- 及时咨询专业意见：若对备案流程或相关法律法规存在疑问，应及时咨询专业律师或相关机构，以确保备案行为的合法性和合规性。
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