在保险标的损失清单中，保险公司核定金额是否要减掉免赔额，需分情况讨论：

1. 免赔额的适用阶段
   免赔额是保险合同中约定的，由被保险人自行承担的损失金额部分。在理赔流程中，保险公司核定损失金额后，会先扣除免赔额，再计算最终赔付金额。例如：若核定损失为10万元，免赔额为1万元，则保险公司实际赔付9万元。这是保险行业通行的操作规则，目的是降低小额索赔成本，控制道德风险。

2. 特殊情形：免赔额是否已包含在核定金额中

   • 若损失清单中“核定金额”是扣除免赔额后的净损失（即保险公司已直接标注“最终赔付金额”），则无需再减；
     
   • 若“核定金额”是未扣除免赔额的总损失（即保险公司仅确认损失范围，未进行免赔计算），则需按合同约定扣除免赔额。
     关键点：需以保险合同条款或保险公司出具的《理赔计算书》为准，若条款未明确，可要求保险公司书面说明计算方式。

3. 免赔额的例外情形
   部分保险产品可能约定“绝对免赔额”或“相对免赔额”：

   • 绝对免赔额：损失必须超过免赔额，超出部分才赔付（如免赔额1万元，损失9千元则不赔）；
     
   • 相对免赔额：损失超过免赔额时，全额赔付（如免赔额1万元，损失1.2万元则赔1.2万元）。
     提示：需仔细阅读合同条款，确认免赔额类型及适用规则。

建议：若对理赔金额有疑问，可要求保险公司提供详细的《理赔计算书》，核对核定金额、免赔额扣除依据及最终赔付金额。如有争议，可依据《保险法》第二十三条（保险公司需及时核定并说明理由）主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款或理赔流程。