开票方在款项到账后私自作废1000万发票的行为，可能涉嫌违法犯罪，具体需结合行为动机、造成的后果及主观故意程度综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 行政违法层面：违反发票管理规定

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十三条，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：

• 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
• 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
• 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

若开票方在款项已到账的情况下，无正当理由私自作废发票，且未重新开具合规发票或未与受票方协商一致，可能被认定为“未按规定开具发票”或“虚开发票”的违法行为，税务机关可责令改正，并处1万元以下的罚款；情节严重的，可能面临更高额罚款甚至吊销发票领购资格。

2. 刑事犯罪层面：可能构成虚开发票罪或逃税罪

若开票方作废发票的目的是为了逃避纳税义务、套取资金或协助他人偷逃税款，且达到刑事立案标准，则可能涉嫌犯罪：

• 虚开发票罪（《刑法》第二百零五条之一）：
  若作废发票后未重新开具真实发票，导致受票方无法正常抵扣税款或企业所得税前扣除，且虚开发票金额累计超过50万元，或虚开发票份数超过100份，或5年内因虚开发票受过行政处罚又虚开的，可能被追究刑事责任，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
• 逃税罪（《刑法》第二百零一条）：
  若作废发票的目的是为了隐瞒收入、少缴税款，且逃避缴纳税款数额较大（占应纳税额10%以上）且经税务机关通知后仍不补缴的，可能构成逃税罪，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大且占应纳税额30%以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

3. 民事责任层面：需赔偿受票方损失

若开票方私自作废发票导致受票方无法正常抵扣税款、无法完成财务核算或遭受其他经济损失（如被税务机关处罚、合同违约等），受票方有权要求开票方承担民事赔偿责任，包括但不限于补缴税款、滞纳金、罚款及直接经济损失。

4. 关键判断因素

• 行为动机：是否为逃避纳税、套取资金或协助他人违法；
• 后果严重性：是否导致国家税款流失、受票方损失或扰乱税收秩序；
• 主观故意：是否明知作废发票会引发违法后果仍故意为之。

建议

若您是受票方，建议立即：

1. 固定证据（如合同、付款记录、作废发票通知、沟通记录等）；
2. 要求开票方重新开具合规发票或赔偿损失；
3. 向税务机关举报开票方的违法行为；
4. 必要时通过法律途径维护权益。

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。