双方达成协议还款后，在完全履行生效法律文书确定的义务的情况下，可以申请解除失信名单，且通常情况下，法院会在核实确认后的三个工作日内删除失信信息。不过，具体流程和所需时间可能因实际情况和地区差异而有所不同。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与通常流程

根据《最高人民法院关于公布失信被执行人名单信息的若干规定》第十条，具有下列情形之一的，人民法院应当在三个工作日内删除失信信息，其中首要情形即为“被执行人已履行生效法律文书确定的义务或人民法院已执行完毕的”：

1. 被执行人已履行生效法律文书确定的义务或人民法院已执行完毕的：这是解除失信名单的最直接和主要条件。当双方达成还款协议，并且被执行人完全按照协议履行了还款义务后，即满足了这一条件。

2. 通常流程：

   • 履行义务：失信人需完全按照生效法律文书或双方达成的还款协议的要求履行还款义务。
   • 提交申请（视情况而定）：在某些情况下，失信人可能需要主动向执行法院提交书面申请，说明已经履行完毕义务的情况，并附上相关的还款凭证等证明材料，如银行转账记录、收款收据等。但也有部分地区或法院在确认义务已履行后会直接进行删除操作，无需失信人主动申请。
   • 法院审核：法院会对申请材料或履行情况进行审核，确认被执行人是否确实已经按照生效法律文书或还款协议的要求履行了全部义务，并与申请执行人进行核实。
   • 删除失信信息：如果经审核确认被执行人已履行完毕义务，法院会在三个工作日内将失信信息从失信被执行人名单中删除，并同步更新至全国失信被执行人名单信息公布与查询平台等渠道。

特殊情况与处理

尽管在大多数情况下，履行完还款义务后失信信息会被删除，但也存在一些特殊情况可能导致失信状态未能及时解除：

1. 存在其他未了结案件：若失信人除本次履行义务的案件外，还有其他未了结的执行案件或涉嫌其他违法犯罪行为正在被调查处理，法院可能会暂不解除其失信状态。

2. 存在异议或纠纷：若申请执行人和被执行人对于还款的金额、方式、时间等存在争议，或存在其他纠纷尚未解决，法院可能需要进一步审查核实，在争议解决前不会轻易解除失信名单。

3. 重新失信：若失信被执行人在履行义务后又出现新的失信行为，或法院发现其之前履行存在不实情况，法院有权根据相关规定重新将其纳入失信被执行人名单。

建议与提醒

1. 珍惜信用：失信人应珍惜信用，避免再次出现失信行为，以免对自身信用造成更大影响。

2. 主动沟通：在履行义务后，建议主动与执行法院沟通，了解具体解除失信状态的流程和所需材料，以便尽快恢复信用。

3. 寻求法律帮助：如遇特殊情况导致失信状态未能及时解除，可向我咨询，通过合法途径维护自身权益。

综上所述，双方达成协议还款后，在完全履行生效法律文书确定的义务的情况下，可以申请解除失信名单。但具体流程和所需时间可能因实际情况和地区差异而有所不同，且存在一些特殊情况可能导致失信状态未能及时解除。因此，在履行还款义务后，建议主动与执行法院沟通并了解相关流程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。