发包人的全资子公司是否允许支付工程款，需分情况讨论，具体如下：

1. 合同约定角度

   • 若发包人与承包人签订的建设工程施工合同中，明确约定了工程款的支付主体包括发包人的全资子公司，或者通过补充协议、会议纪要等形式对此进行了明确，那么全资子公司支付工程款是符合合同约定的，也是被允许的。
   • 反之，如果合同中并未明确约定全资子公司可以支付工程款，那么全资子公司擅自支付可能构成无权处分，除非事后得到发包人的追认。

2. 法律关系角度

   • 从法律关系上看，发包人与全资子公司是两个独立的法人主体，虽然全资子公司由发包人全资控股，但它们在法律上享有独立的民事权利和承担独立的民事责任。
   • 因此，除非有法律上的特别规定（如债务承担、债务转移等），或者发包人明确授权全资子公司代为支付工程款，否则全资子公司无权直接以自己的名义支付发包人的工程款。

3. 实际操作角度

   • 在实际操作中，如果发包人希望全资子公司支付工程款，可以通过签订三方协议（发包人、承包人、全资子公司）的方式，明确全资子公司的支付义务和责任，以及各方的权利和义务。
   • 此外，发包人还可以向承包人出具授权委托书，明确授权全资子公司代为支付工程款，这样全资子公司的支付行为就具有了合法依据。

4. 潜在风险角度

   • 如果全资子公司未经发包人同意擅自支付工程款，可能会引发一系列法律风险，如承包人可能拒绝接受支付、要求发包人继续履行支付义务、甚至提起诉讼要求发包人承担违约责任等。
   • 同时，全资子公司也可能因无权处分而面临内部管理上的风险和责任追究。

建议：

• 对于发包人而言，如果希望全资子公司支付工程款，应事先在合同中明确约定或通过补充协议、会议纪要等形式进行明确，并确保全资子公司得到发包人的明确授权。
• 对于承包人而言，在接受全资子公司支付工程款时，应仔细审查相关合同和授权文件，确保支付行为的合法性和有效性。

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