结论：在民间借贷中，让借款人打欠100万的借条，而实际只出借90万，这种做法是不合法且存在风险的，不建议这样做。下面我将从多个角度为您详细分析。
一、法律角度
虚假表示与意思表示不真实：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为应当基于真实的意思表示。如果您实际出借90万，却让借款人打欠100万的借条，这构成了虚假表示，即借条上的金额与实际出借金额不符。
- 虚假表示的法律行为可能被认定为无效或可撤销，特别是在借款人提出异议或证据证明实际借款金额的情况下。
高利贷与利息限制：
- 即使您意图通过这种方式收取额外的“利息”或“费用”，这也可能触及高利贷的界限。根据法律规定，民间借贷的利率受到严格限制，超出法定利率部分的利息是不受法律保护的。
- 将实际借款金额与借条金额不一致作为收取高额利息的手段，不仅违法，而且可能引发法律纠纷和处罚。
二、风险角度
借款人反诉风险：
- 如果借款人发现借条金额与实际借款金额不符，他们可能会提起诉讼，要求确认借条无效或撤销借条，并可能要求您返还多收的款项。
- 在这种情况下，您不仅可能面临法律纠纷，还可能因虚假表示而承担法律责任。
信用与声誉风险：
- 采取这种不诚信的做法可能会损害您的个人信用和声誉。在商业社会中，信用和声誉是非常重要的资产，一旦受损，可能难以恢复。
- 借款人可能会将您的行为传播给其他人，导致您在未来的借贷或商业活动中受到不利影响。
三、建议与解决方案
诚实守信原则：
- 在民间借贷中，应遵循诚实守信的原则，确保借条上的金额与实际出借金额一致。
- 如果您希望收取利息或费用，应在借条中明确约定，并确保利率或费用符合法律规定。
完善借贷手续：
- 除了借条外，还可以考虑签订借款合同，明确双方的权利和义务，包括借款金额、利率、还款期限等。
- 借款合同应由双方签字或盖章确认，并保留好相关证据，以备不时之需。
咨询专业律师：
- 如果您对民间借贷的法律问题存在疑问或担忧，建议咨询专业律师，以确保您的借贷行为合法合规。
- 作为专业律师，我可以为您提供关于民间借贷的法律咨询和解决方案，帮助您规避法律风险。
总结：在民间借贷中，让借款人打欠100万的借条而实际只出借90万的做法是不合法且存在风险的。建议您遵循诚实守信的原则，完善借贷手续，并在必要时咨询专业律师。如果您有任何关于债务债权或民间借贷的法律问题，可以直接向我咨询。