公司编造假科研项目属于违法行为，需承担相应法律责任，具体处理方式需根据行为性质和后果严重程度分情况讨论：

1. 民事责任层面
   若编造行为导致合作方、投资者或政府机构遭受经济损失（如虚假申报科研补贴、骗取合作款项），公司需承担民事赔偿责任。根据《民法典》第122条，因故意隐瞒真实情况或提供虚假信息导致他人损害的，受损害方有权要求赔偿实际损失及合理维权成本。例如，合作企业因依赖虚假科研成果投入生产后发现技术不可行，可主张返还投资款并索赔预期利益损失。

2. 行政责任层面
   若编造行为涉及违反科研管理法规（如《国家科学技术奖励条例》《科学技术进步法》），公司可能面临行政处罚。具体包括：

   • 科研管理部门撤销虚假项目资质、追回已发放的财政资金；
     
   • 对公司处以罚款（如《科学技术进步法》第77条规定，骗取科技奖励的，由主管部门没收奖励并处违法所得1-5倍罚款）；
     
   • 列入科研诚信失信名单，限制未来项目申报资格。

3. 刑事责任层面
   若编造行为符合犯罪构成要件，可能触犯刑法：

   • 诈骗罪：若以非法占有为目的，通过虚构科研项目骗取他人财物（如投资款、政府补贴），数额较大的（通常3000元至1万元以上），可依据《刑法》第266条追究刑事责任，最高可处无期徒刑；
     
   • 合同诈骗罪：在签订、履行科研合作合同过程中，以虚构单位或冒用他人名义、虚构事实或隐瞒真相等手段骗取财物，数额较大的（2万元以上），可依据《刑法》第224条定罪处罚；
     
   • 提供虚假证明文件罪：若公司为第三方出具虚假科研评估、审计等证明文件，情节严重的（如造成重大损失或多次违法），可依据《刑法》第229条追究直接责任人员刑事责任。

实务建议：

• 内部整改：立即停止虚假行为，主动向相关部门坦白并退还非法所得，争取从轻处理；
  
• 证据固定：保存所有与虚假项目相关的合同、财务记录、沟通记录等，以备后续维权或抗辩；
  
• 法律合规审查：全面梳理公司科研管理制度，建立合规审查机制，避免类似风险。
  

若需进一步分析具体案件中的责任边界或应对策略，可直接向我咨询。