结论：在对方不配合股权转让，诉讼后再申请强制执行的情况下，市监局（市场监督管理局）是否会配合股权转让，这主要取决于法院的强制执行裁定及协助执行通知书的内容和要求。一般来说，如果法院裁定要求市监局协助办理股权变更登记，市监局会依法配合。
详细分析：
股权转让的法律程序：
- 股权转让通常涉及双方当事人的协商、签订股权转让协议、办理公司内部变更登记（如修改公司章程、股东名册等）以及办理市场监管部门的变更登记手续。
- 当对方不配合股权转让时，一方可以通过诉讼途径解决争议，并请求法院判决对方履行股权转让义务。
诉讼与强制执行：
- 如果法院判决对方履行股权转让义务，但对方仍不履行，胜诉方可以申请法院强制执行。
- 强制执行过程中，法院可能会向相关单位（如市监局）发出协助执行通知书，要求其协助办理股权变更登记等手续。
市监局的配合义务：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，市监局作为行政机关，有义务配合法院的强制执行工作。
- 当市监局收到法院的协助执行通知书后，应当依法办理股权变更登记手续，将股权从原股东名下变更至新股东名下。
可能遇到的问题及解决：
- 市监局拒绝配合：如果市监局拒绝配合法院的强制执行工作，胜诉方可以请求法院对市监局采取进一步的强制措施，如罚款、拘留等。同时，胜诉方也可以向上级行政机关或监察机关投诉市监局的不作为行为。
- 股权转让存在瑕疵：如果股权转让本身存在瑕疵（如未经过其他股东同意、违反公司章程等），市监局可能会以此为由拒绝办理变更登记。在这种情况下，胜诉方需要先解决股权转让的瑕疵问题，再申请强制执行。
建议：
- 在股权转让过程中，双方应当签订详细的股权转让协议，并明确约定双方的权利和义务。
- 如果对方不配合股权转让，胜诉方应当及时向法院提起诉讼，并申请强制执行。
- 在申请强制执行时，胜诉方应当向法院提供充分的证据材料，以证明股权转让的合法性和必要性。
- 如果市监局拒绝配合办理股权变更登记手续，胜诉方可以请求法院对市监局采取进一步的强制措施，并向上级行政机关或监察机关投诉其不作为行为。
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