结论：合同只结清部分款项时，可以对这结清部分款项出具结清证明。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律背景与依据

在合同纠纷领域，结清证明是一种重要的法律文件，它用于证明合同双方就某一部分或全部款项的支付已经达成一致，并已经履行完毕。虽然具体的法律条文可能并未直接规定“可以对部分款项出具结清证明”，但根据《中华人民共和国民法典》中关于合同履行和债权债务关系的相关规定，以及合同自由原则，合同双方有权就合同的履行情况进行协商，并达成一致意见。因此，在合同只结清部分款项的情况下，双方完全可以就这部分已结清的款项出具结清证明。

二、实际操作与建议

1. 明确结清证明的内容：

   • 结清证明应当明确记载已结清的款项金额、支付时间、支付方式等关键信息。
   • 结清证明应当由双方签字或盖章确认，以确保其法律效力。

2. 保留相关证据：

   • 在出具结清证明前，建议双方保留好与已结清款项相关的支付凭证、转账记录等证据，以备不时之需。
   • 如果可能的话，可以在结清证明中附上这些证据的复印件或扫描件，以增加结清证明的说服力。

3. 考虑未结清款项的处理：

   • 如果合同中还有未结清的款项，双方应当在结清证明中明确剩余款项的支付时间、支付方式等条款。
   • 如果双方就剩余款项的支付存在争议或不确定因素，可以考虑在结清证明中约定争议解决方式或后续协商机制。

三、可能的风险与防范

1. 结清证明的效力问题：

   • 结清证明一旦出具，即具有法律效力。因此，在出具前务必确保已结清的款项确实已经支付完毕，且双方对结清事项无异议。
   • 如果后续发现结清证明中存在错误或遗漏，双方应当及时协商并出具补充证明或修正证明。

2. 对未结清款项的影响：

   • 出具结清证明并不意味着合同已经全部履行完毕。如果合同中还有未结清的款项，双方仍然需要按照合同约定继续履行。
   • 如果一方在出具结清证明后拒绝履行剩余合同义务，另一方有权依据合同约定和法律规定追究其违约责任。

四、实例说明

假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定甲方向乙方购买一批货物，总价款为100万元。合同签订后，甲方已经支付了50万元货款，但剩余50万元尚未支付。此时，双方可以就已支付的50万元货款出具结清证明，明确记载已支付的金额、支付时间等信息，并由双方签字或盖章确认。同时，双方还可以在结清证明中约定剩余50万元货款的支付时间、支付方式等条款，以确保合同的顺利履行。

总结与建议：合同只结清部分款项时，完全可以对这部分已结清的款项出具结清证明。在出具结清证明时，务必确保内容明确、证据充分，并考虑未结清款项的处理方式。如果遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。