股东存在关联交易时，其表决权通常需根据具体情况进行限制或排除，以防止利益冲突损害公司及其他股东利益，核心处理方式需结合公司章程、法律规定及交易性质综合判断。具体分析如下：

1. 公司章程优先适用原则
   若公司章程已明确规定关联股东表决权排除规则（如关联交易审议时相关股东不得参与表决），则直接依据章程执行。例如章程可约定：股东与拟审议事项存在关联关系时，其表决权不计入出席会议有效表决权总数，或直接禁止其参与表决。此规则属于公司自治范畴，但不得违反法律强制性规定。

2. 法定表决权排除情形
   根据《公司法》第十六条（为股东或实际控制人提供担保）及《上市公司治理准则》等规范，关联股东在特定交易中需回避表决：

   • 为股东或实际控制人担保：必须经股东会决议，且关联股东不得参与表决，决议需经出席会议其他股东所持表决权过半数通过；
     
   • 上市公司关联交易：需披露关联关系并回避表决，交易金额达一定比例时还需独立董事专门审议；
     
   • 非上市股份公司关联交易：虽无强制回避规定，但若交易显失公平（如高价收购股东资产），可能因损害公司利益被撤销或认定无效。

3. 表决权排除的例外与补充规则

   • 小股东保护机制：若关联交易涉及控股股东滥用权利，小股东可依据《公司法》第二十条主张其承担赔偿责任，或依据第二十一条要求董事、高管对违规关联交易赔偿公司损失；
     
   • 程序合规性审查：即使关联股东未回避，若交易程序合法（如已披露、定价公允）、内容不损害公司利益，法院可能认定决议有效；反之，若程序瑕疵（如未披露关联关系）且实质损害公司利益，决议可能被撤销（《公司法》第二十二条）。

实务建议：

• 公司应通过章程细化关联交易表决规则，明确关联方认定标准、表决权排除程序及替代决策机制（如委托第三方评估）；
  
• 股东参与关联交易时，应主动披露关联关系并申请回避，避免决议效力瑕疵；
  
• 若发现关联交易损害公司利益，可及时通过股东代表诉讼或直接诉讼维权。
  

如有具体交易场景或章程条款需分析，可进一步提供细节，我将结合法律条文与司法实践为您详细解答。