农村土地被厂子占用且原合同到期后续约，核心需完成的手续和过程如下，需分情况讨论：

1. 若土地性质为集体建设用地（如原为乡镇企业用地或经依法批准的集体经营性建设用地）

   • 手续核心：需重新签订书面续约合同，并办理集体建设用地使用权续期登记。
     
   • 具体流程：
     
     • 协商续约条款：双方需就续期期限（一般不超过20年，特殊项目可依政策延长）、租金标准（建议参考当地集体建设用地基准地价或评估价）、土地用途（不得擅自改变为非工业用途）、违约责任等核心条款达成一致，并签订书面合同（必须书面形式，口头约定无效）。
       
     • 村民会议或村民代表会议决议：若土地为村集体所有，续约需经本集体经济组织成员的村民会议2/3以上成员或2/3以上村民代表同意（依据《土地管理法》第63条），并形成书面决议作为合同附件。
       
     • 乡镇政府备案或审批：部分地区要求集体建设用地使用权续期需向乡镇政府备案，或经县级自然资源部门审批（具体以地方政策为准，建议提前咨询当地自然资源局）。
       
     • 办理不动产登记：续约合同生效后，双方需共同向不动产登记机构申请集体建设用地使用权续期登记，领取新的不动产权证书（未登记不得对抗善意第三人）。
       

2. 若土地性质为农用地（如原为耕地、林地等，但被厂子占用可能涉及违法用地）

   • 前提条件：需先确认原占用行为是否合法。若原占用未经依法审批（如未办理农用地转用审批手续），则续约可能涉及违法用地问题，需先补办手续或恢复土地原状。
     
   • 合法化路径：
     
     • 补办农用地转用审批：若厂子符合规划且符合土地利用总体规划，可由厂子向县级自然资源部门申请农用地转用审批，经省级政府或国务院批准后，办理集体建设用地使用权出让手续（需缴纳土地出让金），再签订续约合同。
       
     • 恢复土地原状：若无法补办手续或不符合规划，则需拆除地上建筑物、恢复土地原状，续约无法进行。
       
   • 风险提示：若原占用行为已被认定为违法用地，续约可能面临行政处罚（如罚款、没收建筑物）或刑事责任（如非法占用农用地罪），建议先通过法律程序确认原合同效力及占用合法性。
     

3. 若土地性质为国有土地（如原为国有农场土地或已征收为国有）

   • 手续核心：需按国有土地使用权续期程序办理，通常需重新签订国有土地使用权出让合同。
     
   • 具体流程：
     
     • 申请续期：厂子需在合同到期前向县级自然资源部门提出续期申请，并提交续期方案（包括用地规划、投资计划等）。
       
     • 评估与审批：自然资源部门会委托评估机构对土地价值进行评估，并根据评估结果确定续期出让金标准，报县级政府审批。
       
     • 签订续期合同：审批通过后，双方签订国有土地使用权出让续期合同，明确续期期限（一般不超过原出让合同剩余年限）、土地用途、出让金支付方式等条款。
       
     • 办理不动产登记：续期合同生效后，办理国有土地使用权续期登记，领取新的不动产权证书。
       

特别提醒：

• 续约前务必核实土地性质（可通过查询不动产权证书、土地利用总体规划图或咨询当地自然资源部门确认），避免因土地性质错误导致手续无效。
  
• 若涉及集体土地，建议全程由村集体委托律师参与，确保程序合法；若涉及国有土地，建议厂子委托律师协助办理续期手续，规避法律风险。
  
• 续约合同条款需明确约定“合同到期后地上建筑物的归属”（如归村集体或厂子所有），避免纠纷。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的法规进一步分析。