在交通运输处罚中，鉴定程序的规定主要围绕鉴定的启动、实施、结果审查及救济等环节展开，具体规定如下：

1. 鉴定启动程序

   • 行政机关主动启动：交通运输执法部门在查处违法行为时，若发现案件涉及专业性问题（如车辆超限检测、危险货物性质认定、交通事故责任划分等），可依法委托具备资质的鉴定机构进行鉴定。例如，《道路交通安全法实施条例》明确，对车辆超限超载的检测需通过计量检定合格的检测设备，必要时可委托第三方机构出具检测报告。
     
   • 当事人申请启动：当事人对行政机关认定的违法事实（如车辆技术状况、货物性质）有异议时，可在行政处罚告知后、决定前提出鉴定申请。行政机关认为必要的，应予以准许并委托鉴定；若认为无需鉴定，需书面说明理由。例如，《交通运输行政执法程序规定》中规定，当事人对违法事实有异议的，执法部门应当充分听取当事人陈述、申辩，并可组织调查核实或委托鉴定。

2. 鉴定实施程序

   • 鉴定机构资质要求：鉴定机构须具备省级以上市场监管部门或行业主管部门颁发的资质证书，且鉴定人员需持有相应执业资格。例如，检测车辆超限的动态称重设备需通过计量检定，鉴定人员需具备交通工程或计量专业资质。
     
   • 鉴定过程规范：鉴定机构应独立、客观、公正地开展工作，鉴定过程需记录在案，包括采样、检测、分析等环节。例如，对危险货物运输的鉴定，需按照《危险货物分类和品名编号》（GB 6944）等标准进行分类检测，并出具书面鉴定报告。
     
   • 鉴定时限要求：鉴定机构应在委托书约定的期限内完成鉴定；未约定的，应在合理期限内完成（通常不超过30日）。例如，《公安机关办理行政案件程序规定》中规定，对需要鉴定的，应当自收到鉴定意见之日起五日内，将鉴定意见复印件送达违法嫌疑人。

3. 鉴定结果审查与采纳

   • 形式审查：行政机关需审查鉴定报告的合法性（如机构资质、人员资格）、关联性（是否与案件事实相关）及客观性（是否存在篡改、虚假内容）。例如，若鉴定报告未加盖机构公章或鉴定人未签字，可能被认定为无效。
     
   • 实质审查：行政机关需结合其他证据（如现场笔录、证人证言）综合判断鉴定结果的合理性。例如，若车辆超限鉴定报告显示超限50%，但现场称重设备显示超限30%，行政机关需进一步核查设备误差或采样是否规范。
     
   • 不采纳情形：若鉴定程序违法（如未通知当事人到场）、鉴定结论明显依据不足或与其他证据矛盾，行政机关可不予采纳并要求重新鉴定。例如，《行政处罚法》中规定，证据必须查证属实，方能作为认定案件事实的根据。

4. 当事人救济权利

   • 申请重新鉴定：当事人对鉴定结果有异议的，可在收到鉴定报告后3日内提出重新鉴定申请。行政机关认为理由充分的，应委托另一鉴定机构重新鉴定；认为理由不成立的，需书面说明并告知当事人救济途径。例如，《道路交通事故处理程序规定》中规定，当事人对检验报告、鉴定意见有异议的，可以在收到检验报告、鉴定意见之日起三日内申请重新检验、鉴定。
     
   • 行政复议或诉讼：当事人认为鉴定程序违法或鉴定结果影响处罚决定的，可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼。例如，若行政机关未依法委托鉴定即作出处罚，法院可能以“主要证据不足”为由撤销处罚决定。

总结：交通运输处罚中的鉴定程序以“合法性、客观性、公正性”为核心，从启动、实施到结果审查均需严格遵循法定要求。当事人若对鉴定有异议，可通过申请重新鉴定或行政救济维护权益。如有具体案件需进一步分析，可直接向我咨询。