合作投资款剩余资金的分配需根据合作协议约定或法律规定处理，具体分以下几种情况：

1. 有书面合作协议且明确约定分配规则
   若合作协议中已明确约定“投资期满或项目终止后剩余资金如何分配”（例如按出资比例分配、按约定比例分配、优先返还某方本金后分配等），则直接按协议约定执行。这是最直接、优先适用的规则，双方均需遵守。
   例如：协议约定“项目终止后，剩余资金先返还甲方的本金，剩余部分按甲乙双方3:7分配”，则按此比例操作。

2. 无书面协议或协议未明确约定分配规则
   若未签订书面协议，或协议中未约定剩余资金分配方式，则需根据《民法典》中“合伙合同”或“合同编”的相关规定处理：

   • 按实际出资比例分配：若能证明各方实际出资金额（如转账记录、出资确认书等），剩余资金通常按出资比例分配。这是最公平的默认规则，但需双方对出资事实无争议。
     
   • 按贡献或约定俗成分配：若合作中存在“一方负责运营、另一方仅出资”等特殊贡献，或双方长期合作中已形成“按某种方式分配”的惯例，可能需结合贡献或惯例分配。但需有证据支持（如聊天记录、会议纪要等），否则可能引发争议。
     
   • 平均分配（仅限特殊情形）：若无法证明出资比例或贡献，且双方均无过错，可能参考“平均分配”原则，但实践中较少见，需结合具体案情判断。
     

3. 合作中存在亏损或债务
   若项目终止时存在亏损或未清偿债务，剩余资金需先用于清偿债务（如供应商货款、员工工资等），清偿后仍有剩余的，再按上述规则分配；若不足清偿，则需按出资比例或过错程度分担亏损（如某方因过错导致亏损，可能需承担更多责任）。

建议：

• 优先检查合作协议，明确约定是分配的核心依据；
  
• 若无协议或约定不明，收集出资凭证、贡献证据（如工作记录、沟通记录等），为协商或诉讼做准备；
  
• 若争议较大，可委托律师介入，通过调解或诉讼解决，避免自行处理引发更大纠纷。
  

如有具体协议条款或案情细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况详细分析。