在股东为证明和公司财产不混同而进行司法审计的情况下，审计费的承担问题，需根据具体情况进行判断，通常可能由股东、公司或根据法院判决来承担。以下是对此问题的详细分析：
一、股东承担审计费的情况
股东自愿承担：
- 在某些情况下，股东可能出于证明自身清白或维护公司利益的考虑，自愿承担司法审计的费用。这种承担方式通常基于股东的自愿和协商，不涉及法律强制。
股东协议约定：
- 如果股东之间或股东与公司之间有明确的协议约定，规定在特定情况下（如证明财产不混同）由股东承担审计费用，那么股东应按照协议约定履行。
二、公司承担审计费的情况
公司正常经营需要：
- 如果司法审计被视为公司正常经营或管理的一部分，且审计的目的是为了公司的整体利益（如确保财务透明、合规等），那么公司可能会承担审计费用。这种情况下，审计费用通常被视为公司的正常运营成本。
公司章程或内部规定：
- 如果公司章程或内部规定中明确规定了审计费用的承担方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司应按照章程或规定承担审计费用。
三、法院判决承担审计费的情况
诉讼中的费用分担：
- 在涉及股东与公司财产混同的诉讼中，如果法院认为进行司法审计是必要的，且审计费用是诉讼过程中产生的合理费用，那么法院可能会根据案件的具体情况，判决由败诉方或双方按比例承担审计费用。
- 例如，如果股东被证明与公司财产混同，且因此给公司或其他股东造成了损失，法院可能会判决该股东承担审计费用作为赔偿的一部分。
公平原则的应用：
- 法院在判决审计费用承担时，还会考虑公平原则。如果审计费用的承担明显不公平或不合理，法院可能会根据实际情况进行调整，以确保判决的公正性和合理性。
法律建议
明确约定：
- 为避免纠纷，股东之间或股东与公司之间可以在协议或章程中明确约定审计费用的承担方式。这样可以在发生争议时，有明确的依据可供参考。
保留证据：
- 在进行司法审计时，各方应保留好相关证据，如审计合同、发票、支付凭证等。这些证据在后续可能发生的纠纷中，将起到至关重要的作用。
咨询专业律师：
- 由于审计费用的承担问题可能涉及复杂的法律关系和事实认定，因此建议各方在涉及此类问题时，咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案。
如有更多关于公司法务、经营管理或上市方面的法律问题，可以直接向我咨询。