在合同中明确两个被告中哪一方为主权方（这里可能指的是主要责任方或主要义务方），通常需要通过合同条款的精心设计来实现。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同条款的明确性
责任划分条款：在合同中，应明确约定各方当事人的权利和义务，特别是针对可能涉及多个被告的情况，应详细划分各自的责任范围。例如，可以约定“甲方负责XX部分，乙方负责XX部分，若因任何一方原因导致合同违约或损失，由该责任方承担主要责任”。
连带责任与按份责任：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定连带责任或按份责任。若希望明确某一方为主要责任方，可以在合同中约定该方承担连带责任，即在其能力范围内对全部债务负责；或者约定按份责任，但明确某一方的份额较大，从而体现其为主要责任方。不过，单纯的按份责任并不直接体现“主权”或主要责任方的概念，因此更推荐通过具体责任划分条款来明确。
违约责任条款：在合同中设定详细的违约责任条款，包括违约情形、违约责任承担方式等。通过明确违约责任的承担主体和方式，可以间接体现哪一方在合同中占据更重要的地位或承担更多责任。例如，可以约定“若因甲方原因导致合同无法履行，甲方应承担乙方因此遭受的全部损失，并支付违约金XX元”。
二、合同结构的合理性
主从合同关系：若合同涉及多个部分或多个交易，可以考虑采用主从合同的结构。在主合同中明确各方的基本权利和义务，而在从合同中进一步细化某一方的具体责任或义务。通过这种方式，可以突出某一方在合同体系中的核心地位。
附件与补充协议：对于复杂的合同关系，可以通过附件或补充协议的形式对特定事项进行详细约定。例如，可以在附件中列出各方当事人的具体责任清单，或者通过补充协议对某一方的责任进行特别强调。
三、法律后果的考量
诉讼风险：在合同中明确责任方不仅有助于合同履行过程中的管理，还能在发生纠纷时降低诉讼风险。通过明确约定责任方，可以避免在诉讼过程中因责任划分不清而导致的争议和延误。
执行效率：在合同中明确主要责任方还有助于提高执行效率。一旦发生违约或损失，权利方可以直接向主要责任方主张权利，而无需先对多个被告进行责任划分，从而节省时间和成本。
四、实际操作建议
详细咨询与起草：在起草合同时，建议详细咨询专业律师（如我），以确保合同条款的合法性和有效性。律师可以根据具体案情和当事人需求，量身定制合同条款，明确各方责任。
审查与修改：合同起草完成后，应进行仔细审查和修改。确保合同条款清晰、明确，无歧义或漏洞。特别是针对责任划分部分，应反复推敲和确认，以确保其符合当事人意愿和法律规定。
若您在合同起草或审查过程中遇到任何问题，或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。