美容院员工提成扣款是否合法需分情况讨论，具体分析如下：
若提成扣款有合法依据且程序合规，则合法
根据《劳动合同法》及相关司法解释，用人单位与劳动者可依法约定劳动报酬的构成及支付方式。若美容院与员工在劳动合同中明确约定了提成计算规则（如“未完成业绩指标时按比例扣减提成”），且该规则不违反法律强制性规定（如未低于当地最低工资标准、未设置显失公平的扣减条件），同时扣款程序透明（如提前告知员工、留存书面记录），则此类提成扣款行为具有合法性。
若提成扣款缺乏合法依据或程序违规，则不合法
若美容院未与员工协商一致，单方面制定提成扣款规则，或扣款规则违反法律强制性规定（如以“罚款”名义扣减提成、扣减后实发工资低于最低工资标准），或扣款程序存在瑕疵（如未书面告知员工、未留存扣款依据），则可能构成违法克扣工资。根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资，除非存在法定扣减情形（如代扣代缴个人所得税、社保费等）。若员工因此维权，美容院可能面临补发工资、支付经济补偿金等法律责任。
建议：若您作为员工遇到提成扣款争议，可先核查劳动合同、规章制度中关于提成的约定，确认扣款依据及程序是否合法；若存在疑问，可收集工资条、扣款通知等证据，向我进一步咨询具体维权方案。