针对您提出的“电动车套牌车闯红灯怎么处理”的问题，我会从发现被套牌后的处理流程、预防被套牌的措施，以及使用套牌车的处罚规定三个方面，为您详细解答。

一、发现电动车被套牌且闯红灯后的处理流程

1. 搜集证据：

   • 您需要搜集自己“不在场”的证据，比如停车小票、高速公路收费小票、行车记录仪录像，或者停车场和小区的监控录像等。这些证据需要能够证明在违章发生时，您并不在违章地点。

2. 向交管部门提出申诉：

   • 在收集到足够的证据后，您可以前往车辆登记所在地的交管部门，或者违章发生地的交管部门提出申诉。申诉时，您需要提交收集到的证据，并详细说明情况。

3. 交管部门调查与处理：

   • 交管部门会根据您提供的资料与违章照片进行对比，包括时间、地点、车辆外观等综合因素。如果证明违章不是您所为，交管部门会按程序予以撤销违章记录。

4. 申请更换号牌（可选）：

   • 在交管部门捉拿套牌车的过程中，如果您担心再被套牌车违章骚扰，也可以到交管部门开具车辆套牌情况说明，然后到车管所申请更换号牌。

二、预防电动车被套牌的措施

1. 定期检查违章情况：

   • 建议您养成定期检查自己违章情况的习惯，以便及时发现并处理可能的套牌问题。

2. 收集并保管好车辆相关小票：

   • 定期收集并保管好停车票、过路票等车辆相关小票，这些小票在证明您“不在场”时可能会起到关键作用。

3. 保管好个人车辆资料：

   • 确保您的个人车辆资料不轻易外泄，避免被不法分子利用。

4. 给车子加特别印记：

   • 您可以考虑给车子加一些特别的印记，如贴纸、划痕等，以避免与套牌车雷同。

三、使用套牌车的处罚规定

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第96条规定，变造、伪造或者使用变造、伪造的机动车号牌的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该机动车，处15日以下拘留，并处2000元以上5000元以下罚款。如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。因此，使用套牌车是严重的违法行为，不仅会对他人造成困扰和损失，也会给自己带来严重的法律后果。

综上所述，如果您发现自己的电动车被套牌且闯红灯，应立即搜集证据并向交管部门提出申诉。同时，为了预防被套牌，建议您定期检查违章情况、收集并保管好车辆相关小票、保管好个人车辆资料，并给车子加特别印记。最后，请务必遵守交通法规，不要使用套牌车，以免给自己和他人带来不必要的麻烦和损失。