在巨额财产来源不明罪的财产计算中，配偶的合法收入通常不应当包含在内。以下是对这一问题的详细分析：

一、巨额财产来源不明罪的基本构成

巨额财产来源不明罪，是指国家工作人员的财产或者支出明显超过合法收入，差额巨大，且不能说明其来源的行为。这一罪名的核心在于“不能说明来源”的巨额财产部分，而非其全部财产。因此，在计算巨额财产时，应当首先明确哪些财产属于合法收入，哪些财产属于无法说明来源的财产。

二、配偶收入的性质

配偶的收入，如果属于合法所得，那么这部分收入应当被视为家庭共同财产中的合法部分。在巨额财产来源不明罪的语境下，配偶的合法收入并不构成犯罪对象，因为这部分收入有明确的来源和合法的依据。

三、财产计算的原则

1. 合法性原则：在计算巨额财产时，应当首先排除所有合法收入部分，包括国家工作人员本人的合法收入以及其配偶的合法收入。只有无法说明来源的财产部分，才可能构成巨额财产来源不明罪。

2. 独立性原则：国家工作人员的财产状况应当独立于其配偶的财产状况进行考量。虽然配偶的收入可能对家庭整体经济状况产生影响，但在巨额财产来源不明罪的认定中，应当关注的是国家工作人员个人无法说明来源的财产部分。

四、特殊情况下的考量

当然，也存在一些特殊情况需要特别考虑。例如，如果国家工作人员利用职务之便，将非法所得转移至配偶名下，以掩盖其非法来源，那么这部分财产虽然名义上属于配偶，但实际上仍然应当视为国家工作人员的非法所得，并计入巨额财产来源不明罪的财产计算中。然而，这种情况下的财产转移和掩盖行为，往往还可能涉及其他犯罪，如贪污罪、受贿罪等，需要依法进行数罪并罚。

五、法律建议

对于涉及巨额财产来源不明罪的案件，建议当事人积极配合司法机关的调查工作，如实说明财产来源和去向。如果确实存在无法说明来源的财产部分，应当尽快寻求专业律师的帮助，以便在法律框架内维护自己的合法权益。同时，也提醒广大国家工作人员要严格遵守法律法规，保持清正廉洁的作风，避免陷入法律纠纷。

如有任何关于婚姻家庭或刑事案件的法律问题，特别是涉及巨额财产来源不明罪的疑问，欢迎直接向我咨询。