针对您提出的小车被朋友开闯了两个红灯被扣12分的问题，以下是我为您提供的详细处理流程和建议：

一、确认违章信息

首先，您需要通过交通管理部门的官方网站、手机APP（如“交管12123”）或到当地车管所或交警大队的违法处理窗口，查询并确认闯红灯的具体违章记录。这包括违章时间、地点、照片等信息，以确保违章的真实性和准确性。由于是您的朋友驾驶，您还需要确认违章时驾驶人的身份，因为后续处理可能会涉及到驾驶人的责任。

二、接受处罚

在确认违章信息无误后，您或您的朋友（实际驾驶人）需要在收到处罚通知后的规定时间内（一般为15天），前往指定的交通管理部门或通过网络平台接受处罚，领取违章处罚决定书，并按要求缴纳罚款。逾期未缴纳可能会产生滞纳金。

三、驾驶证扣留与学习

根据我国相关法律规定，闯两次红灯累计扣12分，公安机关交通管理部门将扣留驾驶证。此时，实际驾驶人（您的朋友）需要在十五日内到机动车驾驶证核发地或违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。这可以通过现场报名或线上预约进行。

四、参加考试恢复驾驶证

学习结束后，车辆管理所会在二十日内安排道路交通安全法律、法规和相关知识考试（即科目一考试）。考试合格的，记分予以清除，并发还机动车驾驶证；考试不合格的，需要重新参加学习和考试，直到合格为止。

五、特殊情况处理

• 如果您的朋友持有的是大型客车（A1）、牵引车（A2）、城市公交车（A3）、中型客车（B1）或大型货车（B2）驾驶证，在一个记分周期内有记满12分记录的，除了上述学习和考试流程外，车辆管理所还会注销其最高准驾车型驾驶资格。他需要在三十日内办理降级换证业务。
• 如果您的朋友在实习期内发生道路交通安全违法行为被记满12分的，其驾驶证将被注销。

六、建议与注意事项

• 不能继续驾车：在驾驶证被扣留期间，您的朋友不得继续驾驶机动车，否则将面临法律处罚。
• 及时处理违章：建议您或您的朋友尽快查询并处理违章记录，以避免因拖延而导致更多不必要的麻烦。
• 代处理需谨慎：虽然理论上可以选择让其他人的驾驶证代为处理部分违章（如电子眼抓拍且无法识别驾驶员的情况），但这种行为存在法律风险，且可能涉及伪造、变造证件等违法行为，应谨慎对待。在此情况下，更建议由实际驾驶人承担责任并接受处理。
• 加强交通安全意识：闯红灯是严重的交通违法行为，不仅危及自己和他人的生命安全，还会面临相应的处罚。因此，建议您和您的朋友在日常驾驶中严格遵守交通规则，增强交通安全意识。

综上所述，面对因闯红灯被扣12分的情况，您或您的朋友需要积极应对并按照规定流程进行处理。同时，也以此为鉴，加强交通安全意识，共同维护道路交通秩序和安全。