若发现您的厂房被认定为违法建筑，您有权通过合法途径进行申诉、复议或诉讼，要求撤销违法建筑的认定或处罚决定，并可依法主张因错误认定导致的损失赔偿。以下是具体分析：

1. 核实违法建筑的认定依据与程序
   首先，您需要确认相关部门（如城乡规划部门、城管执法部门）认定厂房为违法建筑的依据是否充分、程序是否合法。根据《城乡规划法》第六十四条，违法建筑的认定需满足“未取得建设工程规划许可证”或“未按许可证规定建设”等条件，且认定前应依法送达《责令停止建设通知书》《限期拆除决定书》等法律文书，并保障您的陈述、申辩权。若程序违法（如未送达文书、未听取意见），您可主张认定无效。

2. 申请行政复议或提起行政诉讼
   若您认为认定错误或程序违法，可在收到《限期拆除决定书》之日起60日内申请行政复议（向上一级主管部门或本级政府），或6个月内直接提起行政诉讼（向法院起诉认定部门）。复议或诉讼中，您需提供厂房建设时的规划许可、土地使用证明、历史遗留问题证据（如早期政策文件、政府默许建设的证明）等材料，证明厂房符合规划或存在法定免责情形（如因政府原因未取得许可）。

3. 主张损失赔偿的法律依据
   若厂房因错误认定被强制拆除，您可依据《国家赔偿法》第四条要求赔偿直接损失（如建筑材料、设备损失）和合理间接损失（如停产停业损失）。但需注意：若厂房确属违法建筑且拆除程序合法，您可能无法获得赔偿；若拆除程序违法（如未公告、未清点财物），您可主张全额赔偿。

4. 特殊情形下的处理建议

   • 历史遗留问题：若厂房建于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日前），且符合当时政策（如“乡镇企业用地”），可依据《关于规范城乡规划行政处罚裁量权的指导意见》主张“补办手续、限期改正”，而非直接拆除。
     
   • 政府原因导致未取证：若因政府承诺、政策调整等原因未取得规划许可，可要求政府出具书面说明，作为免责证据。
     
   • 紧急拆除情形：若厂房因安全原因被紧急拆除，您需核实拆除前是否依法委托第三方鉴定机构出具危险性鉴定报告，否则可主张程序违法。

行动建议：

1. 立即收集厂房建设时的规划许可、土地使用证明、政府文件等材料；
   
2. 联系专业律师协助分析认定程序是否合法，制定复议或诉讼策略；
   
3. 若厂房被强制拆除，及时拍照、录像固定现场证据，并要求拆除方出具财物清单。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体证据为您详细分析。