若工程已完工验收合格但发现存在挂靠行为，核心处理结论如下：需根据挂靠行为对合同效力、责任承担、工程款结算等关键环节的影响，分情况采取法律措施，具体如下：

1. 合同效力层面：挂靠合同原则上无效，但验收合格不影响工程款结算
   根据《民法典》第793条及《建工司法解释》第1条，挂靠人与被挂靠人签订的施工合同因违反法律强制性规定（如《建筑法》第26条禁止无资质或超越资质承揽工程）而无效。但若工程经竣工验收合格，承包人（实际为挂靠人）仍可参照合同约定主张工程款，发包人需按约定支付（例外：若发包人对挂靠行为明知，可能需与挂靠人、被挂靠人承担连带责任）。

2. 责任承担层面：挂靠人与被挂靠人需对工程质量、债务等承担连带责任

   • 对发包人责任：若工程存在质量问题，发包人可依据《建工司法解释》第7条，要求挂靠人（实际施工人）与被挂靠人（名义承包人）承担连带赔偿责任。
     
   • 对第三方责任：若挂靠施工导致第三方人身或财产损害（如施工事故），被挂靠人需与挂靠人共同承担连带赔偿责任（《民法典》第1168条）。
     
   • 内部责任划分：挂靠人与被挂靠人可按过错比例分担责任（如被挂靠人收取管理费却未履行监管义务，需承担更大责任）。

3. 行政处罚层面：挂靠双方可能面临罚款、停业整顿等行政处罚
   根据《建筑法》第65条，对挂靠人（无资质或超越资质施工）可处工程合同价款2%-4%的罚款，并责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书；对被挂靠人（出借资质）可处罚款，并没收违法所得。若情节严重（如造成重大安全事故），还可能被吊销营业执照。

4. 实务建议：分阶段采取针对性措施

   • 发包人角度：若发现挂靠，可主张合同无效但要求按验收合格结算工程款；若工程存在质量问题，可同时起诉挂靠人与被挂靠人要求连带赔偿。
     
   • 被挂靠人角度：立即终止与挂靠人的合作，固定证据（如挂靠协议、资金往来记录），避免被认定为共同侵权；若已收取管理费，可能需退还部分以减轻行政处罚。
     
   • 挂靠人角度：主动与发包人协商结算，避免被认定为“恶意串通”损害发包人利益；若被行政处罚，可申请听证或行政复议。

提示：挂靠行为涉及民事、行政双重法律责任，且可能因具体情节（如发包人是否明知、是否造成损害等）导致责任分配差异。建议根据实际情况，结合合同条款、验收记录、资金往来等证据，制定具体应对方案。如有进一步疑问，可直接向我咨询。