产假工资的扣除是按照自然日来计算的，而非工作日。以下是对这一问题的详细解释：

法律依据与产假天数

根据《女职工劳动保护特别规定》第七条，女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天；难产的，增加产假15天；生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，增加产假15天。此外，各地方可能根据具体情况对产假天数有所调整，例如有些地方规定生育奖励假等，使得产假总天数可能超过98天。但无论如何，产假的计算都是基于自然日，而非工作日。

产假工资的计算方式

在产假期间，女职工的工资待遇通常由两部分组成：一是生育津贴，二是用人单位支付的工资（如果生育津贴低于工资标准）。生育津贴的计算一般与产假天数和女职工的缴费基数有关，而产假天数则是按照自然日来计算的。因此，产假工资的扣除（或发放）也是基于自然日进行的。

具体案例说明

假设一位女职工的产假为128天（包括98天基本产假和30天生育奖励假），那么她的产假工资就是按照这128天来计算的。如果她的月工资为5000元，那么她的日工资就是5000元除以30天（假设一个月按30天计算，实际计算中可能根据具体月份的天数有所调整），再乘以产假天数128天，即可得出产假期间的工资总额。当然，在实际操作中，生育津贴的发放和工资的支付可能涉及更复杂的计算和流程，但基本原则仍然是按照自然日来计算产假天数和工资。

特殊情况说明

如果女职工在产假期间遇到了法定节假日或周末等休息日，这些天数也是计入产假天数的，不会因为遇到休息日而延长产假或额外扣除工资。也就是说，产假是连续计算的，包括所有的自然日，无论这些日子是否是工作日。

总结与建议

综上所述，产假工资的扣除是按照自然日来计算的。如果你在产假期间遇到了工资发放方面的问题或疑问，建议首先与用人单位进行沟通协商，了解具体的工资计算方式和发放流程。如果协商无果或认为自己的权益受到了侵害，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

希望以上解答能够对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题或疑问，欢迎随时向我咨询。