结论：公司作为被告在起诉期间注销，一般情况下，不能简单地通过反映给审批局来不认该注销行为，但可以通过法律途径主张注销行为无效或撤销注销登记，以维护自身合法权益。以下从不同角度进行分析：
一、公司注销的法律后果
公司注销意味着公司法人资格的终止，公司不再作为法律主体存在。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司注销前应当进行清算，清偿债务后，方可向公司登记机关申请注销登记。若公司在未清偿债务的情况下注销，可能构成违法注销，相关责任人员可能需要承担法律责任。
二、起诉期间公司注销的处理方式
主张注销行为无效：
- 若公司注销时未依法进行清算，或者清算过程中存在违法行为（如隐匿财产、虚构债务等），导致债权人利益受损，债权人可以依法向人民法院提起诉讼，主张注销行为无效。
- 在此情况下，即使公司已经注销，其法人资格在法律上可能被视为未终止，债权人仍可以追究公司及其相关责任人员的法律责任。
撤销注销登记：
- 若公司注销登记存在错误或违法行为（如提交虚假材料、隐瞒重要事实等），利害关系人可以向公司登记机关申请撤销注销登记。
- 撤销注销登记后，公司法人资格恢复，债权人可以继续向公司主张权利。
三、向审批局反映注销问题的局限性
- 审批局的职责范围：审批局（或公司登记机关）主要负责公司的登记注册、变更、注销等行政审批事项。其职责是审查公司提交的申请材料是否齐全、是否符合法定形式，并作出相应的行政决定。
- 反映问题的效果：向审批局反映公司注销问题，审批局可能会进行调查核实，但若公司注销行为本身符合法定程序和要求，审批局可能无法直接撤销注销登记或认定注销行为无效。此时，需要通过法律途径来解决争议。
四、法律建议
- 及时收集证据：若公司作为被告在起诉期间注销，债权人应及时收集相关证据，如公司注销前的财务报表、清算报告、债务清单等，以证明公司注销时存在未清偿债务或违法行为。
- 咨询专业律师：债权人应咨询专业律师，了解自身权利义务和可能的法律途径，以便更好地维护自身合法权益。
- 提起诉讼或申请撤销：根据具体情况，债权人可以向人民法院提起诉讼主张注销行为无效，或者向公司登记机关申请撤销注销登记。
举例说明：假设某公司作为被告在一起合同纠纷案件中被起诉，但在诉讼过程中，该公司未经合法清算即办理了注销登记。此时，原告（债权人）可以向人民法院提起诉讼，主张该公司注销行为无效，并要求该公司及其相关责任人员承担法律责任。同时，原告也可以向公司登记机关申请撤销该公司的注销登记，以恢复其法人资格并继续主张权利。
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