分公司被总公司收回经营权后，分公司原有的合伙人协议是否继续有效，这主要取决于合伙人协议的具体内容以及总公司收回经营权的具体方式和目的。以下从不同角度进行分析：

1. 合伙人协议的独立性：

   • 如果合伙人协议是分公司与合伙人之间独立签订的，且协议中并未明确约定总公司收回经营权时协议自动终止或失效，那么该协议在法律上仍然有效。分公司作为协议的一方，虽然其经营权被总公司收回，但并不意味着其法律主体资格的完全丧失（除非分公司被注销），因此协议对分公司和合伙人仍然具有约束力。

2. 总公司收回经营权的方式和目的：

   • 如果总公司是通过合法程序，如内部决策、合同约定等，收回分公司的经营权，并且这一行为并未直接导致分公司解散或注销，那么分公司原有的合伙人协议通常不会因此自动失效。但总公司可能会根据新的经营策略和管理需要，与合伙人重新协商或修改协议内容。
   • 如果总公司收回经营权的行为导致分公司解散或注销，那么分公司作为法律主体的资格将消灭，其原有的合伙人协议也将因主体不存在而自然失效。但在此情况下，合伙人可能需要根据协议中的解散条款或相关法律法规，就协议终止后的权利义务进行清算和分配。

3. 协议中的特别约定：

   • 如果合伙人协议中明确约定了总公司收回经营权时协议的处理方式，如自动终止、继续有效但需修改某些条款等，那么应按照协议中的约定执行。这种特别约定具有优先效力，能够排除一般法律原则的适用。

法律建议：

• 对于分公司和合伙人而言，在总公司收回经营权后，应首先审查合伙人协议的具体内容，特别是关于协议终止、修改和清算的条款。
• 如果协议中没有明确约定或约定不明确，建议分公司和合伙人及时协商并签订补充协议，以明确双方在总公司收回经营权后的权利义务关系。
• 如果协商不成或存在争议，可以寻求法律途径解决，如通过诉讼或仲裁等方式维护自身合法权益。

可能法律后果：

• 如果分公司和合伙人未能就合伙人协议的处理达成一致意见，可能会导致协议履行受阻或产生纠纷。
• 在极端情况下，如果分公司因总公司收回经营权而解散或注销，且合伙人协议未得到妥善处理，可能会引发更复杂的法律问题，如债权债务的清算、合伙财产的分配等。

因此，分公司被总公司收回经营权后，分公司原有的合伙人协议是否继续有效需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。