公司质量索赔单通常应加盖公司公章或合同专用章，具体分析如下：

一、公章的使用

1. 法律效力：公司公章是公司处理内外部事务的印鉴，具有最高的法律效力。在涉及公司重大权益的文件上，如合同、协议、索赔单等，加盖公章通常意味着公司对该文件的认可和承担相应责任。
2. 适用场景：对于质量索赔单这类涉及公司权益和责任的文件，如果索赔金额较大、影响范围较广，或者需要公司高层决策和认可，那么加盖公章是更为稳妥和正式的选择。

二、合同专用章的使用

1. 法律效力：合同专用章是公司专门用于签订合同的印鉴，其法律效力在合同领域内与公章相当。在合同签订、履行、变更、解除等过程中，加盖合同专用章是常见的做法。
2. 适用场景：如果质量索赔单是基于某个具体的合同或协议而产生的，且该合同或协议中明确规定了索赔的程序和要求，那么在这种情况下，加盖合同专用章也是合适的。这可以表明公司对该索赔单的认可，并愿意按照合同或协议的规定承担相应责任。

三、其他注意事项

1. 印章管理：无论选择加盖公章还是合同专用章，公司都应建立完善的印章管理制度，确保印章的使用符合规定，防止印章被盗用、滥用或误用。
2. 文件内容：除了加盖印章外，质量索赔单的内容也应准确、完整、清晰，明确索赔的原因、金额、期限等关键信息，以便双方能够顺利沟通和协商。
3. 法律风险：在处理质量索赔单时，公司还应关注可能涉及的法律风险，如索赔金额的合理性、索赔程序的合法性等，以避免因处理不当而引发的法律纠纷。

在实际操作中，公司可以根据具体情况选择加盖公章或合同专用章。如果对印章的使用有疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会结合公司的具体情况和法律法规的要求，为你提供专业的解答和建议。