员工是否会被罚款需分情况讨论，具体结论如下：

1. 若员工存在违法行为且被行政处罚
   根据《行政处罚法》及相关行业法规（如《公共场所卫生管理条例》），若员工在修脚店工作期间存在未取得健康证上岗、未按规定消毒工具、无证从事医疗行为（如治疗灰指甲等）等违法行为，卫生健康部门或市场监管部门有权对员工个人作出行政处罚，包括警告、罚款（通常为个人违法所得的数倍或固定金额）、没收违法所得等。例如，未取得健康证上岗的，可能被处以50-500元罚款。

2. 若员工仅履行职务行为且无过错
   若员工仅按店内要求提供修脚服务，无个人违法行为（如证件齐全、操作规范），则即使修脚店因其他问题被查（如店内卫生不达标、广告虚假宣传等），员工通常不会被直接罚款。行政处罚的对象是违法主体（如修脚店经营者或直接负责的主管人员），而非普通员工，除非员工同时满足“直接负责的主管人员”或“其他直接责任人员”身份（如店长、技术负责人等）。

3. 若修脚店被查涉及刑事犯罪
   若修脚店因非法行医（如无资质开展医疗美容项目）、使用假药劣药等行为涉嫌刑事犯罪，员工若参与共同犯罪（如协助实施非法行医、明知假药仍销售），可能被追究刑事责任（如非法行医罪、销售假药罪），但刑事责任与“罚款”性质不同（刑事责任包括罚金、有期徒刑等）。若员工无犯罪故意且未参与，则不承担刑事责任。

建议：

• 若您或同事被要求缴纳罚款，可要求执法部门出具《行政处罚决定书》，核对处罚对象是否为您个人、违法事实是否属实；
  
• 若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼；
  
• 日常工作中务必确认自身资质（如健康证、职业资格证）及操作规范，避免因店内管理问题牵连个人。
  

如有进一步细节（如被查原因、执法部门出具的文书等），可向我补充说明，我会为您具体分析。