交通运输部门设置限速标志是具有合法性的，这一合法性主要基于以下几点法律和实际考量：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其相关实施条例，交通运输部门有权根据道路类型、交通流量、路况以及天气条件等因素，设置合理的限速标志。这些标志旨在确保道路交通的安全和顺畅，减少交通事故的发生。
   • 法律明确规定了机动车在道路上行驶时，必须遵守限速标志标明的最高时速。在没有限速标志的路段，也应保持安全车速。这进一步强化了限速标志的合法性和必要性。

2. 实际考量：

   • 不同道路类型和路况对车速的要求不同。例如，高速公路上的车速通常较快，但也需要设置合理的限速以防止超速行驶带来的安全隐患。而城市道路或学校、医院等人流密集路段，则需要设置较低的限速值以保障行人安全。
   • 特殊天气和路况下，如雨雪、雾霾等恶劣天气或道路施工、事故现场等特殊区域，交通运输部门会设置临时限速标志以提醒驾驶人降低车速，确保行车安全。

3. 限速标志的设置程序：

   • 交通运输部门在设置限速标志时，会遵循一定的程序和标准。这包括进行道路交通流量调查、路况评估、安全风险分析等工作，以确保限速标志的设置既合理又有效。
   • 限速标志的设置还会考虑公众的意见和建议，通过公示、听证等方式广泛征求社会各界的意见，确保限速标志的设置符合公众利益和安全需求。

4. 超速行驶的法律后果：

   • 如果驾驶人违反限速标志的规定超速行驶，将面临相应的法律处罚。这包括罚款、扣分甚至吊销驾驶证等严重后果。这些处罚措施旨在强化驾驶人对限速标志的遵守意识，维护道路交通秩序和安全。

总结与建议： 交通运输部门设置限速标志是出于保障道路交通安全和顺畅的考虑，具有充分的合法性和合理性。作为驾驶人，在行车过程中应密切关注限速标志和路况变化，合理控制车速，确保行车安全。如果您对限速标志的设置或超速行驶的法律后果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。