无证经营修理厂所收取的款项，在法律上确实有可能被认定为非法所得，但这并非绝对，需要结合具体情况进行判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、非法所得的法律定义
非法所得，通常指的是违反法律、法规、规章的规定，通过非法手段获取的财物或利益。在无证经营修理厂的情况下，由于未取得相关的经营许可，其经营行为本身即属于非法行为，因此，通过该非法行为所收取的款项，有可能被认定为非法所得。
二、无证经营的法律后果
行政处罚：根据《无证无照经营查处办法》等相关法律法规，无证经营行为可能会受到行政处罚，包括罚款、没收违法所得、责令停止经营活动等。这里的“违法所得”，即指通过无证经营行为所获取的款项。
刑事责任：在特定情况下，无证经营行为还可能构成犯罪，如非法经营罪等。如果构成犯罪，不仅会被追究刑事责任，还可能面临更严厉的处罚，包括罚金、没收财产等。
三、款项是否被认定为非法所得的考量因素
经营行为的性质：如果修理厂的经营行为完全违反了法律法规的强制性规定，且没有取得任何合法的经营许可，那么其收取的款项很可能被认定为非法所得。
款项的来源与用途：如果款项是通过非法手段直接获取的，或者用于非法目的，如支付非法活动的费用、购买非法物品等，那么这些款项更有可能被认定为非法所得。
是否存在合法经营的部分：如果修理厂虽然存在无证经营的情况，但同时也存在部分合法经营的行为，且能够清晰区分合法与非法所得，那么只有非法经营部分所收取的款项才可能被认定为非法所得。
四、法律建议
立即停止无证经营行为：为了避免进一步的法律风险和损失，建议立即停止无证经营行为，并尽快办理相关的经营许可手续。
配合相关部门的调查与处理：如果已经被相关部门查处或接到相关通知，应积极配合调查与处理工作，如实说明情况，提供必要的证据和资料。
寻求法律帮助：如果对无证经营行为的法律后果或款项是否被认定为非法所得存在疑问或争议，建议寻求专业的法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，无证经营修理厂所收取的款项在法律上有可能被认定为非法所得，但具体是否构成非法所得以及应承担的法律责任，需要根据经营行为的性质、款项的来源与用途以及是否存在合法经营的部分等因素进行综合判断。如果你对此有进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。