居间协议盖章扫描件在符合相关法律法规及协议约定的情况下通常是有效的，但其有效性还需综合考虑多个因素。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据与一般原则
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，居间协议上加盖合同章（无论是原件还是扫描件，只要扫描件能真实反映原件内容且被双方认可），作为公司对合同内容认可和愿意受其约束的意思表示，通常符合合同成立的形式要件，会被认定为有效。同时，如果协议中明确规定了盖章生效的条款，或者法律有相关规定或行业惯例，那么盖章后的协议（包括扫描件）同样具有法律效力。
影响有效性的关键因素
合同主体的民事行为能力：
- 签订居间协议的当事人必须具备相应的民事行为能力。无民事行为能力人签订的居间协议无效；限制民事行为能力人签订的与其年龄、智力、精神健康状况不相适应的居间协议，若未经其法定代理人同意或追认，也可能被认定为无效。这一点对于扫描件同样适用，因为合同主体的民事行为能力是合同有效性的基础。
意思表示真实性：
- 双方签订居间协议时的意思表示必须真实。如存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，导致一方在违背真实意思的情况下签订合同，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该合同。对于扫描件而言，如果双方对扫描件的内容存在争议，且无法证明扫描件是双方真实意思的表示，那么扫描件的有效性可能会受到质疑。
内容合法性：
- 居间协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。若协议约定的居间事项涉及违法活动（如走私、贩毒等），则该协议将被视为无效。这一点对于扫描件同样重要，因为内容合法性是合同有效性的核心要素。
印章的真实性与一致性：
- 加盖的合同章必须是真实的，且需与协议中约定的或法律规定的印章一致。如使用假章或印章与约定不符，可能导致协议无效或产生法律纠纷。对于扫描件而言，如果无法证明扫描件上的印章是真实的且与原件一致，那么扫描件的有效性可能会受到挑战。此外，如果扫描件在传输或保存过程中被篡改，也可能影响其有效性。
实际操作建议
- 确保合同主体具备民事行为能力：在签订居间协议前，应仔细核对合同主体的身份信息和民事行为能力情况。
- 确保意思表示真实：双方应充分沟通并明确各自的权利和义务，避免存在欺诈、胁迫等情形。
- 确保内容合法合规：居间协议的内容应符合法律法规的规定，不得涉及违法活动。
- 严格审查印章的真实性和一致性：在签订协议时，应使用真实的印章，并确保扫描件上的印章与原件一致。同时，可以采取技术手段（如数字签名、时间戳等）来增强扫描件的真实性和可信度。
- 保存好原件和扫描件：为了应对可能出现的法律纠纷，建议双方同时保存好居间协议的原件和扫描件，并确保扫描件能够真实反映原件的内容。
综上所述，居间协议盖章扫描件的有效性并非绝对，而是需综合考虑多个因素。在实际操作中，应谨慎对待每一个细节，以确保协议的合法有效。如果您在居间协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。