甲方乙方实质为同一方的合同，其效力需分情况讨论，具体如下：
合同形式合法，内容真实且不违反法律强制性规定时，合同有效
法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的有效性主要取决于合同当事人的意思表示是否真实、合同内容是否违反法律或行政法规的强制性规定，以及合同是否违背公序良俗。若甲方乙方虽在形式上为两个主体，但实质上为同一方（例如，同一公司的两个部门或同一实际控制人控制下的两个公司），只要合同内容真实反映了双方的意思表示，且不违反法律的强制性规定，合同即具有法律效力。
例子说明：假设A公司有两个部门，分别以“A公司销售部”（甲方）和“A公司采购部”（乙方）的名义签订了一份内部采购合同。虽然甲方乙方在形式上为两个部门，但实质上为同一公司内部的不同部门，该合同只要内容真实、合法，即具有法律效力。
合同形式或内容存在瑕疵，或违反法律强制性规定时，合同可能无效或可撤销
法律背景：若合同在形式上或内容上存在瑕疵，如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，或者合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么该合同可能被认定为无效或可撤销。在甲方乙方实质为同一方的情况下，如果这种实质同一性被用于掩盖非法目的（如逃避税收、规避法律监管等），那么合同很可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
例子说明：假设两个公司虽然名义上独立，但实际上由同一实际控制人控制，且这两个公司通过签订虚假合同来转移资产、逃避债务或税收，那么这种合同很可能因违反法律强制性规定（如逃税法、公司法等）而被认定为无效。
特殊情形下的合同效力认定
法律背景：在某些特殊情形下，如关联交易、自我交易等，合同的有效性可能受到更严格的审查。如果甲方乙方实质为同一方，且这种同一性导致了利益冲突或损害了第三方利益，那么合同的有效性可能会受到质疑。在这种情况下，需要仔细审查合同的具体内容、交易目的以及是否经过了必要的审批程序等因素。
建议：在涉及关联交易或自我交易的情况下，建议当事人务必确保合同的合法性、合规性，并尽可能通过公开、透明的方式进行交易，以避免不必要的法律风险。
总结与建议：甲方乙方实质为同一方的合同，其效力并非绝对有效或无效，而是需要根据具体情况进行判断。在签订此类合同时，建议当事人务必确保合同内容真实、合法，并避免利用这种实质同一性来掩盖非法目的或损害第三方利益。如果对此类合同的效力存在疑问或担忧，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。