两个店铺合并后，原来店铺的债务原则上由合并后存续的店铺或新设立的店铺承担，具体处理方式需根据合并形式确定。以下分情况详细说明：

1. 吸收合并的情况
   若两个店铺中一个店铺吸收另一个店铺（例如A店铺吸收B店铺，B店铺注销），根据《民法典》第六十七条，被吸收店铺（B）的债务由吸收方（A）承担。此时债权人可直接向合并后存续的A店铺主张全部债务，A店铺不得以“债务属于原B店铺”为由拒绝履行。
   例如：原B店铺欠供应商货款10万元，合并后供应商有权要求A店铺支付该款项，A店铺支付后不得向已注销的B店铺追偿。

2. 新设合并的情况
   若两个店铺合并后注销原主体，共同设立新店铺（例如A、B店铺均注销，合并成立C店铺），根据《民法典》第六十七条，原A、B店铺的债务由新设的C店铺承担。债权人可同时或单独向C店铺主张原两店铺的债务，C店铺需以自身财产清偿。
   例如：原A店铺欠员工工资5万元、B店铺欠租金3万元，合并后员工和房东均可要求C店铺支付共计8万元，C店铺不得以“债务分属原店铺”为由抗辩。

3. 债务承担的特殊约定
   若合并时各方签订协议，明确约定债务承担比例（例如A承担70%、B承担30%），该约定仅对合并方内部有效，对债权人无效。债权人仍有权要求合并后的店铺承担全部债务，合并方内部再按约定追偿。
   例如：A、B合并为C时约定A承担原B店铺债务的60%，但债权人仍可要求C全额支付原B的债务；C支付后，可按约定向A追偿60%部分。

4. 债权人保护规则
   根据《公司法》第一百七十四条（若店铺为公司制），合并方需自合并决议作出之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上公告。债权人自接到通知之日起30日内、未接到通知的自公告之日起45日内，可要求合并方清偿债务或提供担保。若合并方未履行该程序，可能面临行政处罚，但不影响债务承担的实体效力。

建议行动：

• 若您是合并方，务必在合并前梳理原店铺债务清单，通过协议明确内部责任分担，并依法履行债权人通知程序；
  
• 若您是债权人，合并后应及时向新主体主张权利，并留存原合同、对账单等证据；
  
• 若涉及复杂债务（如担保债务、或有债务），建议进一步提供细节，我可协助分析风险点。
  

如有其他合并法律问题，欢迎随时向我咨询。