违法建筑所得收益的追缴时效问题，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若违法建筑收益涉及行政处罚（如没收违法所得）
   根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，时效延长至五年）。但需注意：

   • 时效计算起点为“违法行为发生之日”；
     
   • 若违法行为有连续或继续状态的（如持续使用违法建筑获取收益），时效从行为终了之日起计算；
     
   • 行政机关已立案调查但未作出处罚决定的，不受时效限制。

2. 若违法建筑收益涉及民事纠纷（如租金返还、侵权赔偿）
   根据《民法典》第一百八十八条，民事诉讼时效为三年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。例如：

   • 合法产权人要求违法建筑使用人返还租金收益；
     
   • 因违法建筑导致他人人身或财产损害的赔偿请求。
     特殊情形：若权利人长期不知权益受损（如违法建筑隐蔽使用），时效可能自“发现损害”之日起算，但最长不超过二十年。

3. 若违法建筑收益涉及刑事犯罪（如诈骗、非法经营）
   根据《刑法》第八十七条，刑事追诉时效根据犯罪情节轻重分为：

   • 法定最高刑不满五年有期徒刑的，时效五年；
     
   • 最高刑五年以上不满十年的，时效十年；
     
   • 最高刑十年以上的，时效十五年；
     
   • 最高刑为无期徒刑、死刑的，时效二十年（若认为必须追诉，需报最高检核准）。
     关键点：时效从犯罪之日起计算，犯罪行为有连续或继续状态的，从行为终了之日起计算。

实务建议：

• 行政机关追缴违法所得时，需在时效内完成立案、调查及处罚程序；
  
• 民事纠纷中，权利人应及时主张权益，避免因时效届满丧失胜诉权；
  
• 若涉及刑事犯罪，公安机关立案后不受追诉时效限制。
  

如有具体案件细节（如收益性质、行为持续时间等），可进一步向我咨询，我会结合法律条文与司法实践为您详细分析。