结论：建设工程施工结束后，双方约定付款方式并约定管辖法院的有效性需根据具体情况判断。对于建设工程施工合同纠纷，若约定管辖法院违反专属管辖原则（即非建设工程所在地法院），则该约定无效；若符合专属管辖原则或其他类型纠纷的有效约定条件，则该约定有效。

详细分析：

1. 建设工程施工合同纠纷的专属管辖：

   • 根据相关法律规定，自2015年2月4日起，建设工程施工合同纠纷被明确为按照不动产纠纷确定管辖，即必须由建设工程所在地的人民法院管辖。这是为了确保案件审理的便利性和公正性，避免因管辖法院的选择而影响案件的处理结果。
   • 因此，如果双方在建设工程施工合同中约定的管辖法院不是建设工程所在地的法院，那么该约定将因违反专属管辖原则而无效。

2. 其他类型建设工程纠纷的约定管辖：

   • 建设工程纠纷并不仅限于建设工程施工合同纠纷，还包括建设工程价款优先受偿权纠纷、建设工程分包合同纠纷、建设工程监理合同纠纷等其他类型。
   • 对于这些其他类型的纠纷，如果双方进行了有效的约定管辖，并且该约定没有违反级别管辖和其他相关法律规定（如与争议有实际联系），那么该约定是有效的。这意味着，双方可以选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地或标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院作为管辖法院。

3. 约定管辖的有效条件：

   • 无论何种类型的建设工程纠纷，当事人在约定管辖法院时都必须满足以下条件才能确保约定的有效性：
     1. 约定必须是双方真实的意思表示，不能存在欺诈、胁迫等导致约定无效的情形。
     2. 约定不能违反级别管辖和专属管辖的规定。特别是对于建设工程施工合同纠纷，必须遵守专属管辖的原则。
     3. 约定的管辖法院应与争议有实际联系，如工程所在地、被告住所地等。

法律建议：

• 在签订建设工程合同时，双方应谨慎考虑并明确约定付款方式和管辖法院。特别是要注意区分不同类型的建设工程纠纷以及相关法律法规的变化，避免因约定不当而导致约定无效或产生不必要的法律纠纷。
• 如果双方对管辖法院的约定存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师进行法律分析和建议，以确保约定的有效性和合法性。

可能后果：

• 如果双方约定的管辖法院违反了专属管辖原则或其他相关法律规定，那么该约定将被视为无效。在发生纠纷时，双方可能需要按照法定管辖原则（如建设工程所在地法院管辖）来确定管辖法院，这可能会增加诉讼成本和不确定性。
• 因此，双方在约定管辖法院时应务必谨慎并遵守相关法律法规的规定，以确保约定的有效性和合法性。

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