在法院摇号选定鉴定机构后，如果对方肇事者不同意，这通常不会影响鉴定程序的正常进行。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法院摇号选定鉴定机构的法律效力

法院摇号选定鉴定机构是一种公正、透明的方式，旨在确保鉴定过程的客观性和公正性。一旦法院通过摇号方式选定了鉴定机构，该选择即具有法律效力，双方当事人应当接受并配合鉴定工作的进行。

二、对方肇事者不同意的法律后果

1. 不影响鉴定程序的启动：对方肇事者的不同意，并不能阻止鉴定程序的启动。法院有权根据摇号结果委托鉴定机构进行鉴定，肇事者必须配合提供相关材料和接受鉴定。
2. 可能面临法律制裁：如果肇事者无正当理由拒绝配合鉴定，法院可以视情节轻重，对其采取罚款、拘留等强制措施，甚至可能影响其在案件中的责任认定和赔偿义务。

三、应对策略与建议

1. 沟通协商：首先，可以尝试与对方肇事者进行沟通协商，了解其不同意的具体原因，并尝试解决其顾虑或问题。如果能够通过沟通达成一致，将有助于鉴定程序的顺利进行。
2. 申请法院介入：如果沟通无果，可以向法院申请介入，要求法院对肇事者进行说服教育或采取必要的强制措施，以确保鉴定程序的正常进行。
3. 准备相关证据：在鉴定过程中，应积极准备相关证据，以支持自己的主张。这些证据可能包括事故现场照片、医疗记录、证人证言等，有助于鉴定机构更准确地认定事故责任和损失情况。

四、法律依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人有权在诉讼过程中申请鉴定，并应当配合鉴定工作的进行。如果一方当事人拒绝配合鉴定，法院有权根据具体情况采取相应的强制措施。

总结来说，法院摇号选定鉴定机构后，对方肇事者的不同意并不会影响鉴定程序的正常进行。如果肇事者拒绝配合，法院有权采取必要的强制措施以确保鉴定工作的顺利进行。因此，建议您积极配合鉴定工作，并准备好相关证据以支持自己的主张。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。