处理专利纠纷的方式主要有以下几种：
协商解决：
- 这是首选方式，双方通过自行沟通，就停止侵权行为、赔偿损失等问题达成一致解决方案。协商解决灵活便捷，成本低，且能保持友好关系，有利于后续合作。然而，若分歧较大，可能难以取得实质性进展。
请求管理专利工作的部门调解或处理：
- 当事人可请求当地管理专利工作的部门介入，进行调解或认定侵权并作出处理决定。这种方式具有专业知识和行政权力的支持，处理程序简便快捷，费用较低，且处理决定具有权威性。但若不服处理决定，需通过行政诉讼等程序解决，且赔偿数额确定可能不够精准。
仲裁：
- 适用于双方有仲裁协议的情况。仲裁程序灵活，可选择仲裁员，专业性强，保密性好，能保护商业秘密，且裁决具有终局性。然而，仲裁费用相对较高，且纠错机制有限，对选择仲裁机构和仲裁员的能力要求较高。
诉讼：
- 这是法律保障最严格的方式。向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，通过司法程序解决纠纷。诉讼程序严格保障法律程序，判决具有强制执行力，能全面审查案件事实和法律适用，给予充分法律救济。但诉讼程序复杂漫长，耗费时间、精力和费用，且诉讼结果存在不确定性。
综上所述，处理专利纠纷时，应综合考虑纠纷的性质、双方的意愿与实际情况，选择最适合的处理方式。若您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的帮助。