合作期间挪用39000公款是违法的，可能构成挪用资金罪或职务侵占罪，具体取决于挪用者的身份和挪用目的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律定性
挪用资金罪：
- 构成要件：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，构成挪用资金罪。
- 数额标准：挪用资金罪的“数额较大”标准，根据相关司法解释，通常为10万元以上，但各地可能根据经济发展水平有所差异。不过，即使未达到“数额较大”的标准，如果挪用资金进行非法活动，也可能构成犯罪。
- 本案分析：若挪用者为公司、企业或其他单位的工作人员，且挪用39000元公款进行非法活动，或者虽未进行非法活动但数额较大且超过三个月未还，或者进行营利活动，则可能构成挪用资金罪。
职务侵占罪：
- 构成要件：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。
- 数额标准：职务侵占罪的“数额较大”标准，通常也较高，但具体数额可能因地区而异。不过，与挪用资金罪不同，职务侵占罪要求行为人具有非法占有的目的。
- 本案分析：若挪用者具有非法占有的目的，即将39000元公款据为己有，且数额达到职务侵占罪的立案标准，则可能构成职务侵占罪。
二、法律后果
刑事责任：
- 若构成挪用资金罪或职务侵占罪，挪用者将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等。
- 具体刑罚将根据挪用数额、挪用时间、挪用目的以及挪用者的认罪态度等因素综合确定。
民事责任：
- 挪用者还需承担民事责任，即返还挪用的资金，并可能需赔偿因挪用行为给单位造成的损失。
三、建议与措施
立即返还：
- 若挪用者尚未构成犯罪或希望减轻处罚，应立即返还挪用的资金，并主动向单位说明情况，争取单位的谅解。
法律咨询：
- 挪用者应尽快咨询专业律师，了解自己的法律责任和可能的法律后果，以便制定合适的应对策略。
配合调查：
- 若单位或公安机关已介入调查，挪用者应积极配合调查，如实陈述事实，避免逃避或抗拒调查，以免加重处罚。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更详细的法律建议和帮助。