门店店长罚员工款还威胁员工的行为，在多数情况下是违法的。以下是对此问题的详细分析：
一、罚款行为的违法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位（包括门店）并非行政机关，不具有行政处罚权，因此无权对员工进行罚款。罚款是一种行政处罚措施，只能由法律、法规授权的行政机关或组织在法定职权范围内实施。
违法后果：
- 如果门店店长以罚款为由扣减员工工资，这可能构成未及时足额支付劳动报酬，员工有权依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金。
- 同时，员工还可以向当地劳动监察部门投诉，要求门店纠正违法行为，并可能获得相应的赔偿。
二、威胁行为的违法性
法律依据：
- 威胁员工的行为可能涉及《中华人民共和国治安管理处罚法》中的相关规定，如“写恐吓信或者以其他方法威胁他人人身安全的”等情形，将可能受到行政处罚。
- 如果威胁行为情节严重，如涉及暴力、侮辱、诽谤等，还可能构成犯罪，如寻衅滋事罪、侮辱罪等，将依法追究刑事责任。
违法后果：
- 门店店长如果威胁员工，员工有权向公安机关报案，要求依法处理。
- 同时，员工还可以根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，以门店存在违法行为为由解除劳动合同，并要求支付经济补偿金。
三、综合分析与建议
综合违法性：
- 门店店长罚员工款并威胁员工的行为，既违反了劳动法规中关于用人单位不得罚款的规定，也可能违反了治安管理处罚法或刑法中关于威胁他人安全的规定。
员工应对措施：
- 员工应首先保留好相关证据，如罚款通知、威胁的录音或聊天记录等。
- 然后，员工可以向当地劳动监察部门投诉门店的违法行为，要求纠正并赔偿损失。
- 如果威胁行为严重，员工还可以向公安机关报案，要求依法处理。
门店合规建议：
- 门店应严格遵守劳动法规，不得对员工进行罚款或威胁。
- 门店应建立健全的内部管理制度，明确员工的权利和义务，以及违规行为的处理方式。
- 门店应加强对管理人员的培训和教育，提高其法律意识和合规意识。
总结来说，门店店长罚员工款还威胁员工的行为在多数情况下是违法的。员工应保留好相关证据，及时向劳动监察部门或公安机关投诉报案，以维护自己的合法权益。同时，门店也应加强合规管理，避免类似违法行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。