核心结论：在儿子还车贷但车在公司名下的情况下，离婚协议需明确车辆归属、车贷偿还责任、补偿条款（如有）及违约责任，具体内容需结合实际情况确定。以下是详细说明：

1. 车辆归属的明确约定
   由于车辆登记在公司名下，需先确认车辆的实际权属（如是否为夫妻共同财产、公司财产或个人财产）。若车辆属于夫妻共同财产（例如用夫妻共同收入购买，即使登记在公司名下），离婚协议中应明确约定车辆归哪一方所有，或双方协商折价分割。若车辆属于公司财产（例如公司出资购买用于经营），则需明确车辆与公司资产的分割方式，避免与公司财产混同。

2. 车贷偿还责任的划分
   需在协议中明确剩余车贷的偿还主体。若车辆归一方所有，通常由该方继续偿还车贷；若双方协商由一方偿还，但车辆归另一方所有，需约定补偿条款（例如偿还车贷的一方获得其他财产补偿）。若车贷由第三方（如公司）偿还，需明确该债务是否与夫妻共同债务相关，避免后续纠纷。

3. 补偿条款的约定（如有）
   若一方承担车贷偿还责任，但车辆归另一方所有，或车辆分割价值不对等，需约定补偿金额及支付方式。例如：“男方同意继续偿还剩余车贷XX万元，女方同意向男方支付车辆补偿款XX万元，于协议生效后XX日内支付。”

4. 违约责任的明确
   为保障协议履行，需约定违约责任。例如：“若一方未按约定偿还车贷，导致另一方承担连带责任的，违约方需赔偿守约方全部损失，包括但不限于贷款本金、利息、律师费等。”

5. 其他注意事项

   • 若车辆涉及公司经营，需确保协议内容不违反《公司法》相关规定（例如不得损害公司债权人利益）。
     
   • 协议需经双方签字确认，并办理公证或律师见证（可选），以增强法律效力。
     
   • 若车辆存在抵押或担保，需与贷款机构协商变更借款人或解除抵押，避免后续纠纷。

建议：离婚协议涉及财产分割、债务承担等复杂法律问题，建议根据具体情况起草协议，并由律师审核确认。若有进一步疑问，可直接向我咨询。