结论：高中档案中父母曾经犯罪但已去世的情况是否需要填写，需分情况讨论，具体如下：

1. 档案填写要求明确涉及父母犯罪信息时
   若高中档案的填写说明中明确要求申报父母犯罪记录（例如部分特殊类型招生或政审环节），即使父母已去世，仍需如实填写。因为此类信息属于客观事实，隐瞒可能构成虚假申报，后续被核查发现可能影响档案效力或导致相关资格取消。填写时需注明父母已去世的情况，并附上死亡证明等佐证材料（如有）。

2. 档案填写要求未明确涉及父母犯罪信息时
   若档案仅要求填写父母基本情况（如姓名、职业、联系方式等），未提及犯罪记录，则无需主动填写。根据《个人信息保护法》及档案管理的“最小必要原则”，非必要信息无需过度披露。但需注意：若后续涉及升学、就业等需要政审的环节（如报考军校、警校、公务员等），可能需单独补充父母犯罪记录及死亡情况说明。

3. 特殊场景：父母犯罪记录已被封存或注销时
   若父母犯罪记录因法定程序被封存（如未成年人犯罪记录封存）或注销（如死刑执行后户籍注销），且档案填写要求未明确需申报此类信息，可不予填写。但需保留相关法律文书（如封存决定书、死亡证明）以备核查。

建议：

• 优先以档案填写说明为准，若说明模糊可联系学校档案管理部门确认；
  
• 填写时保持客观，避免主观评价父母犯罪行为；
  
• 保留父母犯罪记录及死亡证明的复印件，以备后续需要时提供。
  

如有其他档案填写或法律问题，可直接向我咨询。