结论：自建房屋顶建简易雨棚，即便相关部门已同意，但若屋主没有房产证，该行为在法律上仍可能存在一定问题，具体是否合法需分情况讨论。

分析如下：

1. 房产证与房屋权属的关系：

   • 房产证是房屋所有权的法定证明文件，它证明了屋主对房屋拥有合法的所有权。没有房产证，从法律上讲，屋主对房屋的所有权可能存在争议或不被完全认可。

2. 相关部门同意的效力：

   • 相关部门同意在屋顶建简易雨棚，这通常是对建筑行为的一种行政许可或备案。然而，这种同意并不直接等同于对房屋所有权的确认或对房屋合法性的全面认可。它更多地是针对建筑行为本身是否符合规划、安全等要求的判断。

3. 无房产证建雨棚的法律风险：

   • 权属争议风险：若屋主没有房产证，其他相关方（如原产权人、继承人、共有人等）可能对房屋的所有权提出异议，进而影响到在屋顶建雨棚的合法性。
   • 行政处罚风险：根据相关法律法规，未经批准擅自进行建设活动可能面临行政处罚，包括但不限于罚款、责令拆除等。尽管相关部门已同意建雨棚，但若屋主无法证明其对房屋拥有合法所有权，这种同意可能因房屋权属问题而无效。
   • 侵权责任风险：若因建雨棚导致他人财产或人身损害，屋主可能因无法证明房屋合法所有权而承担更大的侵权责任。

4. 合法性判断的关键因素：

   • 房屋来源的合法性：屋主需证明房屋的来源合法，如通过合法购买、继承、赠与等方式取得房屋所有权。
   • 规划与安全要求：即使屋主拥有房屋所有权，建雨棚也需符合当地的规划要求和安全标准。相关部门同意建雨棚通常已考虑了这些因素，但屋主仍需确保建设活动符合所有相关要求。

建议：

• 尽快办理房产证：若屋主尚未办理房产证，应尽快向相关部门申请办理，以证明其对房屋的合法所有权。
• 确保建设活动合法合规：在屋顶建简易雨棚前，应确保已获得相关部门的批准，并严格遵守当地的规划要求和安全标准。
• 咨询专业律师：若对房屋权属或建设活动的合法性存在疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见。

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