结论：法人不知情的情况下公司扣章做假证明，法人可能不直接承担刑事责任，但需根据具体情况判断是否构成单位犯罪及法人是否需承担管理责任；同时，法人可能面临行政处罚，并需关注公司民事责任承担问题。以下是对此问题的详细分析：
一、刑事责任角度
单位犯罪与个人责任：
- 若公司扣章做假证明的行为构成犯罪（如伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪），且该行为是为了公司利益、由公司决策机构或负责人决定实施，那么可能构成单位犯罪。
- 在单位犯罪中，直接负责的主管人员和其他直接责任人员需承担刑事责任。若法人确实不知情，且未参与决策或实施该行为，则通常不直接承担刑事责任。
- 但需注意：若法人作为公司负责人或管理人员，因疏于管理或未尽到合理注意义务，导致公司发生犯罪行为，可能因“过失”或“管理失职”而承担一定的法律责任，尽管这种责任可能不是直接的刑事责任。
具体罪名分析：
- 以伪造公司印章罪为例，该罪要求行为人具有伪造公司印章的故意和行为。若法人不知情，且未参与伪造行为，则不构成该罪。
- 然而，若法人作为公司管理者，未能有效防止公司印章被滥用，可能因违反管理职责而面临其他法律责任（如行政处罚或民事赔偿）。
二、行政责任角度
- 即使法人不直接承担刑事责任，若公司因扣章做假证明行为受到行政处罚（如罚款、吊销营业执照等），法人作为公司负责人或管理人员，可能因公司违法行为而受到牵连，面临行政处罚或监管措施。
- 具体行政处罚：根据《中华人民共和国公司法》及相关行政法规，公司违法行为可能导致法人被处以罚款、限制高消费、列入失信被执行人名单等行政处罚。
三、民事责任角度
- 若公司因扣章做假证明行为给第三方造成损失，公司需承担民事赔偿责任。法人作为公司代表，可能需代表公司参与民事诉讼，并承担相应的民事责任。
- 民事赔偿范围：包括但不限于因假证明导致的直接经济损失、间接经济损失以及合理的维权费用等。
四、建议与措施
- 立即采取措施：若法人发现公司存在扣章做假证明的行为，应立即制止并采取措施纠正，防止损失扩大。
- 配合调查：积极配合相关部门的调查工作，提供真实、完整的证据和信息，以证明自己的不知情和无过错。
- 加强内部管理：完善公司印章管理制度，加强印章使用审批和监管，防止类似事件再次发生。
- 寻求法律帮助：如有需要，可咨询专业律师，了解自身法律责任和风险，并制定相应的应对策略。
总结：法人不知情的情况下公司扣章做假证明，法人可能不直接承担刑事责任，但需根据具体情况判断是否构成单位犯罪及法人是否需承担管理责任。同时，法人可能面临行政处罚，并需关注公司民事责任承担问题。因此，建议法人加强内部管理，及时采取措施防止损失扩大，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。